| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:seeAlso
| |
| Description
| - The aim of this proposal is to study the genomes of pathogenic spirochetes of the genus Treponema using methods of comparative genomics including the whole genome fingerprinting method (WGF), comparative genome sequencing (CGS) approach and Chromatin Immunoprecipitation method (ChIP-chip). Genomes of five strains are intended to be sequenced using CGS strategy, i.e. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (Samoan D and Gauthier) and T. pallidum ssp. endemicum (Iraq B and Bosnia A). We intend to determine additional transcriptomes of two strains of T. pallidum ssp. pertenue and compared them to the transcriptome of T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). The ChIP-chip method will be used for identification of transcription factor binding sites in T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). Differences in the genome structure and in the transcriptional profiles will be related to the different pathogenic features of studied organisms. Promoter identifications will be used for elucidation of the transcriptional regulatory network. (en)
- Cílem tohoto výzkumného projektu je studium genomů patogenních spirochet rodu Treponema s použitím metod komparativní a funkční genomiky. Tyto metody zahrnují techniku whole genome fingerprinting (WGF), komparativní genomové sekvencování (CGS) a metodu chromativé imunoprecipitace na čipech (ChIP-chip). Pomocí CGS plánujeme sekvencovat genomy 5 kmenů, t.j. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (kmeny Samoan D a Gauthier) a T. pallidum ssp. endemicum (kmeny Iraq B a Bosnia A). Plánujeme také vyšetřit transkriptomy dvou kmenů T. pallidum ssp. pertenue a porovnat je s transkriptomem T. pallidum ssp. pallidum kmene Nichols. Technika ChIP-chip bude použita pro identifikaci vazebných DNA míst (promotorů) transkripčních faktorů v genomu T. pallidum ssp. pallidum Nichols. Nalezené rozdíly v genomové struktuře a trankripčních profilech budou porovnány s odlišným patogenním potenciálem vyšetřených treponem. Identifice promotorů (spolu s transkriptomovými daty) bude použita pro návrh operonové struktury a pro zmapování transkripční úrovně regulace genové exprese u treponem.
|
| Title
| - Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum (en)
- Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
|
| skos:notation
| |
| http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
| http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
| http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
| http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
| http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
| http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
| http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
| http://linked.open...hodnoceniProjektu
| |
| http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
| http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - T. pallidum ssp. pallidum, genomové sekvenování, profilování genové exprese (en)
|
| http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
| http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
| http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
| http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
| http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
| http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
| http://linked.open...lneniVMinulemRoce
| |
| http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
| http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
| http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
| http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
| http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
| http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
| http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
| http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
| http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
| http://linked.open...jektu+dodavatelem
| - Řešení projektu proběhlo výtečně, jak z hlediska odborného tak i z hlediska čerpání finančních prostředků. (cs)
- The project was excellent, both in terms of expertise and in terms of disbursement of funds. (en)
|
| http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
| http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - genomové sekvenování
- T. pallidum ssp. pallidum
|
| is http://linked.open...vavai/riv/projekt
of | |
| is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)