About: Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
Description	Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 was established and analyzed. (en) Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkového množství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získaná sekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci. Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkového množství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získaná sekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci. (cs)
Title	Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 (en) Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 (cs)
skos:prefLabel	Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 (en) Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 (cs)
skos:notation	RIV/00216224:14110/07:00019074!RIV10-MZ0-14110___
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P Z
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(GA310/07/0321), P(NR8967), Z(MSM0021622415)
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2010
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Čejková, Darina Šmajs, David
http://linked.open.../riv/druhVysledku	O - Ostatní výsledky nezařaditelné do žádného z výše uvedených druhů výsledku
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...titaPredkladatele	Masarykova univerzita / Lékařská fakulta
http://linked.open...dnocenehoVysledku	456812
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/00216224:14110/07:00019074
http://linked.open...riv/jazykVysledku	cze - čeština
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	Complete genome sequence; Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 Complete genome sequence
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[1BDA09C2CE38]
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	EB
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum Molecular typing of Treponema pallidum subsp. pallidum strains and isolates: the background for epidemiological and clinical identifications of individual strains
http://linked.open...UplatneniVysledku	2007
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Čejková, Darina Šmajs, David
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer	Molecular basis of cell and tissue regulations
http://localhost/t...ganizacniJednotka	14110

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software