About: Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
Description	Cíl: Srovnat komparativní genomovou sekvenaci (CGS) a pyrosekvenaci a určit správnou sekvenci genomu Treponema pallidum ssp. pallidum Samoa D. Materiál a metody: Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů s využitím znalosti referenčního genomu. Pyrosekvencování je metoda umožňující sekvenaci celého mikrobiálního genomu de novo i z malého množství DNA bez nutnosti konstrukce genomové knihovny. Pyrosekvencování využívá luminiscenční detekce bisfosfátu uvolněného při prodlužování replikovaného řetězce inkorporací nukleotidů polymerázou. Mezi sekvencemi z CGS a pyrosekvencování bylo odhaleno 512 odlišností, a to převážně jednonukleotidových. Ty byly rozděleny do 345 oblastí, které byly navrženy pro amplifikaci PCR a enzymatickou sekvenaci. Z výsledků srovnání vyplývá, že CGS chybuje asi 1,2x častěji než pyrosekvencování. Na chybách způsobených pyrosekvencováním se nejvíce podílí delece a inzerce (indely) a to celkem z 92,3 %. Cíl: Srovnat komparativní genomovou sekvenaci (CGS) a pyrosekvenaci a určit správnou sekvenci genomu Treponema pallidum ssp. pallidum Samoa D. Materiál a metody: Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů s využitím znalosti referenčního genomu. Pyrosekvencování je metoda umožňující sekvenaci celého mikrobiálního genomu de novo i z malého množství DNA bez nutnosti konstrukce genomové knihovny. Pyrosekvencování využívá luminiscenční detekce bisfosfátu uvolněného při prodlužování replikovaného řetězce inkorporací nukleotidů polymerázou. Mezi sekvencemi z CGS a pyrosekvencování bylo odhaleno 512 odlišností, a to převážně jednonukleotidových. Ty byly rozděleny do 345 oblastí, které byly navrženy pro amplifikaci PCR a enzymatickou sekvenaci. Z výsledků srovnání vyplývá, že CGS chybuje asi 1,2x častěji než pyrosekvencování. Na chybách způsobených pyrosekvencováním se nejvíce podílí delece a inzerce (indely) a to celkem z 92,3 %. (cs) CGS and pyrosequencing methods used for whole geneme sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D are compared. (en)
Title	Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D CGS and pyrosequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D (en) Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D (cs)
skos:prefLabel	Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D CGS and pyrosequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D (en) Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D (cs)
skos:notation	RIV/00216224:14330/07:00020336!RIV10-MZ0-14330___
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P Z
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(GA310/07/0321), P(NR8967), Z(MSM0021622415)
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2010
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Šmajs, David Zobaníková, Marie
http://linked.open.../riv/druhVysledku	O - Ostatní výsledky nezařaditelné do žádného z výše uvedených druhů výsledku
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...titaPredkladatele	Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
http://linked.open...dnocenehoVysledku	451879
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/00216224:14330/07:00020336
http://linked.open...riv/jazykVysledku	cze - čeština
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	CGS; pyrosequencing; Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	pyrosequencing CGS Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[4DA10307B967]
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	EB
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum Molecular typing of Treponema pallidum subsp. pallidum strains and isolates: the background for epidemiological and clinical identifications of individual strains
http://linked.open...UplatneniVysledku	2007
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Zobaníková, Marie Šmajs, David
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer	Molecular basis of cell and tissue regulations
http://localhost/t...ganizacniJednotka	14330

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software