About: Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA310/04/0021
Description	The genome sequence of Treponema pallidum has been completed. Treponema pallidum subspecies pallidum is the causative agent of syphilis and is unculturable under in vitro conditions. This fact severly limits the use of standard genetic approaches to study this organism. We constructed the large insert library of T. pallidum DNA in E. coli harboring 98.7% of all T. pallidum genes on 19 individual clones. We constructed also DNA microarrays containing PCR products of all 1039 predicted T. pallidum ORFs. i) Methods of functional genomics will be used for gene function identifications. ii) Closely related T. paraluicuniculi is the etiologic agent of veneral spirochetosis of rabbits and is not infectious to humans. Genomic comparisons of both treponemes can provide evidence of genetic diversity that can be related to the different pathogenicity of these closely related bacteria. DNA microarray-based technology allows comparisons between these organism on both DNA (genome structure) and mRNA (en) Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožnuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční genomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98.7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum. i) Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii) Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou
Title	Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete (en) Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
skos:notation	GA310/04/0021
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA310%2F04%2F0021/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA310%2F04%2F0021/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2007-10-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	2318430
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Neuvedeno. (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Lékařská fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	36 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	36 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2006
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2004
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2007
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02004GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Treponema pallidum subspecies pallidum is the causative agent of syphilis and is unculturable under in vitro conditions. The genome of Treponema pallidum was studied with the methods of functional and comparative genomics. The large insert library of T. (en) Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Genom spirochety Treponema pallidum byl studován metodami funkční genomiky, DNA microarrays a genomového sekvencování. BAC knihovna T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 9 (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Genome differences and detection of pathogenic Treponema pallidum subspecies Detection of Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 from Skin Lesions,Serum, and CSF in an Infant with Congenital Syphilis after Clindamycin treatment of the mother during pragnancy. Diagnosis of syphilis by polymerase chain reaction and molecular typing of Treponema pallidum Transcriptome of Treponema pallidum: gene expression profile during experimental rabbit infection. Comparison of the genomes of pathogenic treponemes, Treponema pallidum ssp. pallidum, ssp. pertenue and Treponema paraluiscuniculi. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. Analýza sigma-54 závislých promotorů spirochety Treponema pallidum. Genetic diversity in Treponema pallidum: Implications for pathogenesis, evolution and molecular diagnostics of syphilis and yaws Nukleotidové záměny v genomech blízce příbuzných treponem a jejich detekce Nucleotide polytmorphisms in genomes of closely related treponemes and their detection Detekce původce syfilis Treponema pallidum subsp. pallidum v klinických vzorcích. Comparison ot the syphilis and yaws spirochete genomes: comparative genome sequencing of T. pallidum ssp. pallidum Samoa D. Molekulárně-biologická diagnostika spirochety Treponema pallidum v biologickém materiálu. Molekulární detekce a typizace Treponema pallidum subsp. pallidum v klinickém materiálu. Studium domnělých regulátorů genové exprese spirochety Treponema pallidum. Studium domnělých regulátorů genové exprese a sigma 54-závislých promotorů spirochety Treponema pallidum. Whole Genome Sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum, Strain Mexico A, Suggests Recombination between Yaws and Syphilis Strains Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu. Comparing genomes of pathogenic and non-pathogenic spirochetes: DNA-microarray hybridizations, whole genome fingerprinting and DNA sequencing. Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema. Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu Genomics of Treponema. Identifikace a charakterizace sigma-54 závislých promotorů Treponema pallidum. Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema. Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema. Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum. Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws. Restrikční mapování blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. Comparative genomics of Treponema pallidum ssp. pallidum and Treponema paraluiscuniculi. Restriction mapping of closely related treponemes Restriction mapping of closely related spirochetes of the genus Treponema Genomic restriction profiles of the selected strains of the genus Treponema Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře Diagnostics of Treponema pallidum in clinical material
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F04%2F0021/2007/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F04%2F0021/2004/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F04%2F0021/2005/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F04%2F0021/2006/orjk%3A14110

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software