About: Visualization of protein structures

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Visualization of protein structures Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA201/07/0927
Description	Project is focused on research of the methods for visualization of proteins. Space relations in protein structures would be analysed using the computational geometry methods. Then we will search for the tunnels, which influence the reactive properties ofthe protein. To analyze large proteins, 3D Voronoi diagrams are used. We will solve the identification of the most important tunnels and their development during a time interval. Project also investigates new visualization methods build by the means of virtual reality that would make the details of the analyst process of the protein more apparent. Due to the complexity of the protein structure the importance-driven visualization would be developed.The other part of the project is focused on interactivemodification of a protein structure in the selected parts of a tunnel, using an exchange of residues and their rotamers. Here will be also applied the computational geometry methods together with combinatorial approaches. It will be also neccessary to (en) Projekt je zaměřen na výzkum metod pro vizualizaci proteinů. Pomocí metod počítačové geometrie jsou analyzovány prostorové vztahy v proteinových strukturách a vyhledány tunely, které mají výrazný vliv na reaktivní schopnosti proteinu. Pro analýzu rozsáhlých proteinů jsou použity 3D Voroného diagramy. Je řešena identifikace významných tunelů a jejich vývoj v časovém intervalu. Projekt také řeší nové metody vizualizace pomocí prostředků virtuální reality, které zviditelní detaily analýzy proteinu. Pro proteiny s vysokou složitostí bude vyvinuta metoda významem řízené vizualizace. Další část projektu se zaměří na interaktivní modifikaci proteinové struktury ve zvolených oblastech tunelů pomocí výměny reziduí a jejich rotamerů. Zde budou aplikovány metody počítačové geometrie spolu s kombinatorickými přístupy. Současně bude nutné řešit problematiku detekce kolizí mezi atomickými strukturami. Kromě základního výzkumu bude výsledkem projektu interaktivní aplikace pro proteinové inženýrství.
Title	Visualization of protein structures (en) Vizualizace proteinových struktur
skos:notation	GA201/07/0927
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA201%2F07%2F0927/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA201%2F07%2F0927/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-01-22 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	65674052
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	IN - Informatika
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	virtual reality; protein visualization; interaction techniques; molecular dynamics (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Fakulta informatiky
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	23 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	23 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2009-04-22 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/201%2F07%2F0927
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2009
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2010
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02007GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2009-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	JC - Počítačový hardware a software CE - Biochemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2007-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	. (en) Interdisciplinární projekt dosáhl významných výsledků. Kromě publikací na konferencích a v časopisech vznikl sw nástroj, který má dle závěrečné zprávy již 2000 registrovaných uživatelů. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	virtual reality interaction techniques protein visualization
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	CAVER 2.1 CAVER 2.0 HOTSPOT WIZARD 1.0 CAVER Viewer Computation of tunnels in protein molecules using Delaunay triangulation HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering. Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. Computational Tools for Designing and Engineering Biocatalysts. Visualization of Tunnels in Protein Molecules Redesigning dehalogenase access tunnels as a strategy for degrading an anthropogenic substrate Study of water molecule dynamics at the tunnel openings of haloalkane dehalogenase Study of water molecule dynamics at the tunnel openings of haloalkane dehalogenase Multicriteria tunnel computation Computation of more channels in protein molecules Fast Method for Computation of Channels in Dynamic Proteins Computation of channels in protein dynamics Dynamic visualization of protein secondary structures Tracking single channel in protein dynamics CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase Computer-Assisted Engineering of Biomolecules Aktuální stav v oblasti analýzy a vizualizace proteinových struktur Engineering of tunnels in proteins with buried active sites
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA201%2F07%2F0927/2007/orjk%3A14330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA201%2F07%2F0927/2008/orjk%3A14330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA201%2F07%2F0927/2009/orjk%3A14330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA201%2F07%2F0927/2010/orjk%3A14330

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software