About: Determination of the Three-Dimensional Structure of Secreted Aspartic Proteases Using Chemical Cross-Linking and High Resolution Mass Spectrometry

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Determination of the Three-Dimensional Structure of Secreted Aspartic Proteases Using Chemical Cross-Linking and High Resolution Mass Spectrometry Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=KJB400200501
Description	The goal of this proposal is to determine the 3D structures of secreted aspartic proteases Sap9 and Sap10 (Saps), by chemical cross-linking and mass spectrometry (MS3D). Sap proteases are secreted by pathogenic yeast Candida albicans and they play an important role during fungal infections. In MS3D, inter-residue crosslinks are identified to provide large sets of inter-atomic distance constraints. Unlike X-ray and NMR techniques, proteins amenable to MS3D can have many domains, flexible regions, and post-translational modifications. Moreover, MS3D is not limiteited by auto-proteolysis due to rapid cross-link formation. On the example of the Saps we will show that MS3D is the method of choice for determination of the 3D structures of large glycosylated proteases. The structural characterization will contribute to design specific inhibitors, candidates for antimycotic drugs. (en) Cílem projektu je využít kombinaci chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie (MS3D) ke stanovení prostorové struktury aspartátových proteáz Sap 9 a Sap 10. Proteázy Sap jsou vylučovány kvasinkami rodu Candida albicans a výrazně ovlivňují jejich patogenitu. MS3D je založena na nalezení velkého počtu vzdáleností mezi jednotlivými aminokyselinami v rámci jedno proteinu. Narozdíl od X-ray a NMR technik, proteiny vhodné pro MS3D mohou mít více domén, flexibilní oblasti, posttranslační modifikace a mohou mít vysokou molekulovou hmotnost. MS3D navíc minimalizuje problémy s autoproteolýzou, neboť chemické zesítění je vytvořeno během několika minut. Na příkladu proteinů Sap 9 a Sap 10 ukážeme, že metoda MS3D může být použita k řešení poměrně složitých struktur glykosylovaných proteáz. Znalost struktury Saps umožní navrhnout specifické inhibitory, které bude možné použít jako nová antimykotická léčiva.
Title	Determination of the Three-Dimensional Structure of Secreted Aspartic Proteases Using Chemical Cross-Linking and High Resolution Mass Spectrometry (en) Stanovení prostorové struktury aspartátových proteáz Sap 9 a Sap 10 pomocí chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením
skos:notation	KJB400200501
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The research grant projects for juniors
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB400200501/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB400200501/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2009-04-03 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	71782748
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	structural biology; chemical cross-linking; mass spectrometry; protein chemistry; posttranslational modifications; protein modeling; protein expression; drug deisgn (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2007-02-27 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/KJB400200501
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2007
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2008
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02005-J
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2007-12-01 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2005-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Glykosylace aspartátových proteáz Sap9 a Sap10 byla určena. Byla vyvinuta nová metodologie identifikace disulfidických můstků v molekule proteinu a bylo zavedeno stanovení 3-D struktury proteinů pomoci chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie. (cs) The glycosylation of aspartate proteases Sap9 and 10 was characterized. New method determining cystine bridges within protein molecule was designed and characterization of protein structure by chemical cross-linking and mass spectrometry was established. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	mass spectrometry protein expression structural biology chemical cross-linking posttranslational modifications protein chemistry protein modeling
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Modified electrophoretic and digestion conditions allow a simplified mass spectrometric evaluation of disulfide bonds Monitoring conformational changes in protein complexes using chemical cross-linking and Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry: the effect of calcium binding on the calmodulin - melittin complex Chemical cross-linking and mass spectrometry as structure determination tools
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400200501/2005/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400200501/2006/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400200501/2007/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400200501/2008/ico%3A61388971

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software