About: Tetraplexes of DNA and Their Occurrence in the Human Genome

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Tetraplexes of DNA and Their Occurrence in the Human Genome Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA4004201
Description	Tetraplex is a biologically active alternative of the DNA double helix. Studies of, so far, a small part of the human genome indicate that it contains thousands of sequences prone to tetraplex formation. In this project, we wuggest to examine selected series of DNA fragments and formulate rules according to their behavior for a prediction of nucleotide sequences and the solution conditions leading to monomolecular or bimolecular tetraplex formation. These rules will eliminate discrepancies existing in the literature and result in a better understanding of principles of tetraplex formation. Using these rules we will find nucleotide sequences in the human genome prone to tetraplex formation. Some of the sequences will be subjected to experimental tests to check how the tetraplex prediction rules work. (en) Tetraplex je biologicky aktivní alternativou dvojité šroubovice DNA. Dosavadní studie malé části lidského genomu naznačují, že v něm existují tisíce oblastí náchylných ke tvorbě tetraplexů. V tomto projektu navrhujeme prozkoumat vybrané soubory fragmentů DNA tak, abychom na základě jejich chování mohli formulovat pravidla pro predikci, které nukleotidové posloupnosti a za jakých podmínek budou tvořit monomolekulární a bimolekulární tetraplexy. Tato pravidla odstraní existující rozpory v literatuře a umožní lépe pochopit zákonitosti tvorby tetraplexů. Těchto pravidel využijeme k nalezení míst v lidském genomu náchylných ke tvorbě tetraplexu. Z nich některé podrobíme experimentálním testům, abychom zjistili, jak pravidla pro predikci tetraplexů vytvořená v tomto projektu fungují.
Title	Tetraplexes of DNA and Their Occurrence in the Human Genome (en) Tetraplexy DNA a jejich výskyt v lidském genomu
skos:notation	IAA4004201
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA4004201/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA4004201/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2009-04-03 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	2587000
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA; tetraplex; the human genome (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	10 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	10 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2006
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2002
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2007
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02002-AB
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	We formulated rules controlling folding of four G3 blocks into different tetraplex types depending on base sequence of loops. We detected and characterized a number of tetraplexes in human genome fragments and in other important sequential motifs of DNA. (en) Formulovali jsme pravidla skládání čtyř bloků G3 do různých typů tetraplexů v závislosti na sekvenci bázi mezi nimi. Detegovali jsme a charakterizovali řadu tetraplexů ve fragmentech lidského genomu a v dalších důležitých sekvenčních motivech DNA. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA tetraplex
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Conformational properties of DNA containing (CCA)n and (TGG)n trinucleotide repeats Guanine tetraplex topology of human telomere DNA is governed by the number of (TTAGGG) repeats The guanine-rich fragile X chromosome repeats are reluctant to form tetraplexes Circular dichroism spectroscopy of conformers of (guanine + adenine) repeat strands of DNA. The thrombin binding aptamer GGTTGGTGTGGTTGG forms a bimolecular guanine tetraplex Ethanol is a better inducer of DNA guanine tetraplexes than potassium cations Towards a better understanding of the unusual conformations of the alternating guanine-adenine repeat strands of DNA Oligo(dT) is not a correct native PAGE marker for single-stranded DNA DNA homoduplexes containing no pyrimidine nucleotide. Conformational propeties of DNA studied by dint of circular dichroism.
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA4004201/2002/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA4004201/2003/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA4004201/2004/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA4004201/2005/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA4004201/2006/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA4004201/2007/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software