About: CpG methylation of human endogenous retroviruses and LINEs

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: CpG methylation of human endogenous retroviruses and LINEs Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA204/05/0939
Description	CpG methylation of DNA is a key regulator of gene expression in vertebrates, especially in mammals and birds, and most of CpG dinucleotides out of CpG islands are methylated in position 5 of the cytosine. This applies partially to retrotransposon and retroelement copies, which are generally supposed to be genomic parasites. CpG methylation of individual retrotransposon copies, however, has not been studied so far. We therefore plan to look at CpG methylation patterns of selected human LINE copies representing both young and old families. Major attention will be given to full-length copies with potential of retrotransposition. We also plan to analyse CpG metylation in long terminal repeats of human endogenous retroviruses with special regard to W family (HERV-Ws) and its pseudogenes genrated by virtue of LINEs. The syncythin provirus, HERV-W with functional env gene on chromosome 17, is of partial importance because of its fusogenic activity during differentiation of the placental (en) Methylace DNA v dinukleotidech CpG je klíčovým regulátorem genové exprese u obratlovců, zejména u teplokrevných, a většina dinukleotidů CpG mimo CpG ostrovy je methylována na cytosinu. To platí zejména pro sekvence retrotransposonů a retroelementů, kteréjsou všeobecně považovány za genomové parasity. Není však známo téměř nic o methylaci jednotlivých kopií těchto elementů, ačkoli tvoří podstatnou část lidského genomu. V rámci předkládaného projektu bychom chtěli porovnat úroveň methylace u vybraných lidských LINE z evolučně mladých a naopak starých rodin, a to zejména s ohledem na jejich retrotransposiční aktivitu. Dále budeme analysovat methylaci v dlouhých koncových opakovaných sekvencích (LTR) u vybraných členů lidských endogenních retrovirů rodiny W (HERV-W) a jejich pseudogenů generovaných pomocí LINE. Zvláštní pozornost pak věnujeme syncytinu, úplnému HERV-W na chromosomu 17, který kóduje protein navozující fúzi buněk při diferenciaci syncytiotrofoblastu v placentě. Zde bychom se chtěli
Title	CpG methylation of human endogenous retroviruses and LINEs (en) CpG methylace lidských endogenních retrovirů a LINE
skos:notation	GA204/05/0939
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F05%2F0939/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F05%2F0939/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2008-12-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	71263379
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	endogenous retroviruses; LINEs; syncythin; DNA methylation (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2007-05-02 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/204%2F05%2F0939
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2007
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2008
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02005GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2007-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2005-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	We have described multiple epigenetic regulatory events at promoters of human endogenous retroviruses encoding the fusiform envelope glycoproteins (syncytin 1 and 2). We have shown an efficient transcriptional suppression of these proviruses by DNA methy (en) Popsali jsme epigenetické regulace lidských endogenních retrovirů kódujících fúsogenní obalové glykoproteiny (syncytiny 1 a 2) a prokázali jsme jejich účinnou inaktivaci pomocí methylace DNA ve všech tkáních mimo placentu a varlata. V testikulárních tkán (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	LINEs syncythin endogenous retroviruses
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	The core element of a CpG island protects avian sarcoma and leukosis virus-derived vectors from transcriptional silencing CpG methylation controls reactivation of HIV from latency CpG methylation suppresses transcriptional activity of human syncytin-1 in non-placental tissues
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F05%2F0939/2005/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F05%2F0939/2006/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F05%2F0939/2007/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F05%2F0939/2008/ico%3A68378050

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software