| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:seeAlso
| |
| Description
| - In the project, new analytic methods for biochemical research of proteins will be developed and tested. The geometrical properties of dynamic protein models will be explored to find and asses the channels connecting an active site inside protein with its surface. The properties, such as surface, volume and length will be statistically evaluated for large sets of protein snapshots obtained from simulation of its dynamics. The results will be visualized in such a way that would provide new information to biochemists. The methods will also focus on an interaction of small molecules (ligants) passing through a prospective channel, both in time and space, and on a proposal how to modify the protein to increase the quality of the channel. The methods will be included in a software tool CAVER (developed at Masaryk University), which is currently being used by biochemists all around the world. This project is a follow-up of current project Visualization of protein structures (y.2007-2009). (en)
- V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro biochemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod., budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Úkolem další metody bude navrhnout, jak modifikovat protein, aby došlo ke zkvalitnění tunelu. Metody budou začleněny do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.
|
| Title
| - Analysis and Visualization of Protein Structures (en)
- Analýza a vizualizace proteinových struktur
|
| skos:notation
| |
| http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
| http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
| http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
| http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
| http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
| http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
| http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
| http://linked.open...hodnoceniProjektu
| |
| http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
| http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - visualization; virtual; reality; protein; molecular; dynamics (en)
|
| http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
| http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
| http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
| http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
| http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
| http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
| http://linked.open...lneniVMinulemRoce
| |
| http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
| http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
| http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
| http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
| http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
| http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
| http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
| http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
| http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
| http://linked.open...jektu+dodavatelem
| - SW system CAVER was improved within the project. New methods for channel detection in proteins were developed. The project resulted in improved system CAVER, 9 conference papers, and 5 impacted journal papers. (en)
- V rámci projektu byl vylepšen systém CAVER. Byly vyvinuty nové metody pro detekci tunelů v proteinech. Tyto metody byly otestovány v reálné aplikaci modelování proteinů. Výsledkem projektu je i 9 konferenčních článků a 5 impaktovaných časopiseckých publikací. (cs)
|
| http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
| http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - visualization
- molecular
- protein
- reality
- virtual
|
| is http://linked.open...vavai/riv/projekt
of | |
| is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)