Colicins are exocellular bacterial protein toxins produced by some bacterial strains of the family Enterobacteriaceae. Their highly efficient ability to kill sensitive bacteria is facilitated by highly specific interactions between colicin molecule andthe cell envelope proteins (and other components) of sensitive bacterium. Although colicins have been extensively studied in the past decades, little is known about the colicin recognition of outer membrane receptor and inhibition of colicin killingactivity by their cognate immunity proteins synthesized by producer bacteria. Here we propose to characterize the colicin-receptor and colicin-immunity protein interactions. We propose to use colicin U and OmpA protein as a model for colicin-receptorinteractions because of the significant advantages of this study system. The residues of OmpA protein involved in colicin U binding will be identified and the binding assays will be used to differentiate between binding and the ability to mediate the (en)
Koliciny jsou toxické exoproteiny produkované některými kmeny čeledi Enterobacteriaceae. Vysoce specifické interakce kolicinového proteinu s komponentami bakteriálního obalu podmiňují vysokou (téměř absolutní) letální účinnost a specifitu těchto molekul.Snadná detegovatelnost kolicinového účinku na citlivé bakterie předurčuje kolicinový výzkum jako modelový pro studium interakce proteinů s komponenty bakteriální buňky. Navrhujeme studovat interakci kolicinu U s receptorovým proteinem OmpA. OmpA receptormá oproti jiným proteinům zevní membrány řadu výhod: jeho krystalová struktura je známa, je přítomen v monomerní formě, 170 N-terminálních aminokyselinových zbytků kóduje transmembránovou část proteinu a mutantní OmpA proteiny s delecí každé ze čtyřindividuálních extracelulárních kliček byly zkonstruovány. Cílem projektu je identifikace aminokyselinových zbytků OmpA proteinu a kolicinu U, které spolu navzájem interagují a definice vazebných epitopů. Dále navrhujeme studovat interakci imunitního
Byla zmapována interakční místa v proteinu OmpA, kolicinů U a Y a na imunitních proteinech kolicinů U a Y.Byly identifikovány 3 aminokyselinové zbytky v proteinu OmpA, které interagují s kolicinem U. Vedle I45 je dalším zásadním aminokyselinovým zbytkem, (cs)
Interaction sites of OmpA protein, colicins U and Y and their cognate immunity proteins (Cui and Cyi, respectively) were mapped.Three amino acid residues that interact with colicin U molecule were identified in the receptor protein OmpA: I45 (localized i (en)