About: Regulation of transcription factors binding to consensus sequences in superhelical DNA. Influence of phosphorylation of tumor supressor proteins

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Regulation of transcription factors binding to consensus sequences in superhelical DNA. Influence of phosphorylation of tumor supressor proteins Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAB5004203
Description	We propose systematic studies of interaction of supercoiled DNA with transcription factors. In our study we wil clone natural binding sequences of p53, p73 and Smad4 proteins to plasmid vectors and analyze their accessibility in supercoiled DNA. We suppose that superhelical density of DNA can play key role in discrimination between different natural binding sequences. We will use our new method for semiquantitative testing of the effect of the DNA supercoiling on protein binding and technique of supershifting of specific protein /DNA complexes by monoclonal antibodies. The effect of specific phosphorylations of these proteins to scDNA binding (with and without consensus sequences) will be studied. A special attention will be paid to specific phosphorylations found in cancer cells. We will attempt to use in vitro gel shift analysis assay for testing DNA binding status of p53 protein isolated directly from malignant tumors. (en) Plánujeme systematickou studii interakcí superhelikální DNA (scDNA) s transkripčními faktory. Připravíme plazmidy s cílovými vazebnými sekvencemi (proteinů p53, p73 a Smad4) a budeme analyzovat jejich přístupnost v superhelikální DNA. Předpokládáme, že superhelikální hustota DNA může hrát klíčovou roli při rozlišení mezi různými cílovými sekvencemi. Použijeme novou metodu pro semikvantativní testování efektu superhelicity DNA na vazbu proteinu a techniku zvýšení retardace komplexů proteinu s DNA pomocí monoklonálních protilátek. Budeme zkoumat vliv specifických fosforylací proteinů na vazbu k scDNA (i bez cílové sekvence). Zvláštní pozornost bude věnována specifickým fosforylacím, které se vyskytují v nádorových buňkách. Pokusíme se použít in vitro retardační analýzu pro testování vazebných vlastností proteinů p53 izolovaných přímo z maligních nádorů.
Title	Regulation of transcription factors binding to consensus sequences in superhelical DNA. Influence of phosphorylation of tumor supressor proteins (en) Regulace vazby transkripčních aktivátorů k cílovým sekvencím v superhelikální DNA. Vliv fosforylace nádorových supresorů na jejich vazebnou aktivitu
skos:notation	IAB5004203
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAB5004203/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAB5004203/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2007-09-26 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	1723122
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA binding protein; supercoiled DNA; p53; tumour suppressor (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2004
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2002
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2005
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2005
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02002-AB
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CE - Biochemie FD - Onkologie a hematologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Human tumor suppressor protein p53 binds to p53 target sequences in superhelical DNA. The binding is regulated by phosphorylation on the p53 protein and by monoclonal antibodies. Specific phosphorylation leads to activation p53/DNA binding. (en) Nádorový supresor protein p53 se váže preferenčně na cílové sekvence v superhelikální DNA. Tato vazba je regulovatelná fosforylací proteinu p53 a vazbou monoklonálních protilátek. Specifické fosforylace vedou k aktivaci vazby proteinu p53. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	p53 supercoiled DNA DNA binding protein
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Activation of the DNA-binding ability of latent p53 protein by protein kinase C is abolished by protein kinase CK2 Enhancement of p53 sequence-specific binding by DNA supercoiling New ELISA technique for analysis of p53 protein/DNA binding properties.
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAB5004203/2002/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAB5004203/2003/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAB5004203/2004/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAB5004203/2005/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software