About: Analysis of haplotypes in wild and wild-derived mice on chromosome 17

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Analysis of haplotypes in wild and wild-derived mice on chromosome 17 Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA5052406
Description	This project proposal is based on the results of our laboratory and on the availability of DNAs from wild-derived strains and wild mice. The aims are to look for alleles/genotypes and their combinations on a single chromosome of a given individual (haplotypes) in the mouse genome. Tightly-linked polymorphisms will be found in Mus m. domesticus and M. m. musculus to estimate the number of alleles. In pilot experiments, the haplotype structure of wild-derived strains will be analyzed by screening the alleles and regions of possible linkage disequilibrium (LD; the nonrandom association of alleles in haplotypes) identified. Larger scale experiments will be performed in the regions of high LD. The data will be compared with the human haplotype map. The results are expected to aim the understanding of mammalian genome organization and the mechanisms involved in recombination, to clarify the usefulness of wild-derived strains in positional cloning projects, and to develop new markers. (en) Návrh projektu vychází z výsledků naší laboratoře a dostupnosti DNA divokých myší a z nich odvozených inbredních kmenů. Cílem je hledat v oblastech myšího genomu alely/genotypy a analyzovat jejich kombinace na chromozomu daného jedince (haplotypy). Budou nalezeny polymorfismy v těsné vazbě v genomech Mus musculus domesticus a M. m. musculus k odhadu počtu alel. Pilotní experimenty budou prováděny skrýnováním alel v inbredních kmenech odvozených z divokých myší k odvození haplotypové struktury a oblastí možné vazebné nerovnováhy (linkage disequilibrium), to jest nenáhodné asociace alel v haplotypech. Genotypy v těchto oblastech budou analyzovány na větších počtech myších DNA. Data budou srovnána s haplotypovou mapou člověka. Výsledky pomohou porozumět organizaci savčích genomů a mechanismů rekombinace, přispějí k objasnění úlohy divokých myší a z nich odvozených kmenů v projektech pozičního klonování a k rozvinutí infrastruktury těchto kmenů nalezením nových markerů.
Title	Analysis of haplotypes in wild and wild-derived mice on chromosome 17 (en) Analýza haplotypů u divokých myší a z nich odvozených kmenů na chromozomu 17
skos:notation	IAA5052406
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA5052406/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA5052406/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2009-07-02 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	69259469
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	allele; haplotype; linkage disequilibrium; mouse; animal model (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2008-02-21 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/IAA5052406
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2008
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2009
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02004-A
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2008-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2004-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Byla zkonstruována haplotypová mapa oblasti myšího chromosomu 17 o délce 250 kb. Haplotypové struktury se lišily nejen mezi druhy, ale i mezi poddruhy myši domácí. Přispělo to k identifikaci prvního genu hybridní sterility u obratlovců, Hst1. (cs) A haplotype map of a 250-kb region of mouse chromosome 17 was constructed. Haplotypes differed not only between species, but also between subspecies of house mouse. This contributed to the identification of the first vertebrate hybrid sterility gene, Hst1 (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	allele haplotype linkage disequilibrium mouse
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Fine haplotype structure of a chromosome 17 region in the laboratory and wild mouse Conserved alternative and antisense transcripts at the programmed cell death 2 locus
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052406/2004/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052406/2005/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052406/2006/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052406/2007/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052406/2008/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052406/2009/ico%3A68378050

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software