About: Radiation induced damage of DNA

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Radiation induced damage of DNA - protein complexes Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA1048103
Description	The project includes theoretical simulation of radiation attack to DNA-protein complexes. Our model allows predicting the effectsof OH radicals produced by radiation in molecules` surroundings. The model is based on Monte Carlo simulation method (origin and radical diffusion) and Smoluchowski theory (radical reactions with DNA). We propose its extension for modelling radical reactions with proteins, the introduction of other radiolytic species and of the direct effect of radiation (ionizations and excitations of DNA and protein). The choice of DNA-protein complexes depends on:i) the availability of their molecular structures in databanks (PDB, NDB), ii) building by molecular modelling (software SYBYL) and iii) the availability of experimental yields of radiation-induced damages. Probabilities of radical reactions with DNA and proteins will be analyzed in terms of molecular structure and radiation parameters with the aim to obtain yields of some types of primary biological damages. (en) Projekt je zaměřen na teoretické simulace účinků ionizujícího záření (IZ) na komplexy DNA s proteiny. Dříve vyvinutý model pro simulace účinku OH radikálů vzniklých radiolýzou prostředí obklopujícího studovanou biomolekulu je založen na metodě Monte Carlo (simulace vzniku a difúze radikálů) a teorii Smoluchowského (chemické reakce OH radikálů s proteiny, zahrnutí vlivu ostatních produktů radiolýzy také simulace přímého účinku IZ (excitace a ionizace atomů DNA a proteinů). Výběr studovaných komplexů DNA-protein je ovlivněn dosažitelností jejich atomárních struktur v databankách (PDB, NDB) nebo molekulárním modelováním (program SYBYL) a případně též experimentálně měřených výtěžků radiačně indukovaných poškození. Pravděpodobnosti reakcí radikálů s DNA a proteiny budou analyzovány s ohledem na strukturu komplexů a charakteristiky IZ s cílem určit výtěžky a závažnost biologických poškození.
Title	Radiation induced damage of DNA - protein complexes (en) Radiačně indukovaná poškození komplexů DNA s proteiny
skos:notation	IAA1048103
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA1048103/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA1048103/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2004-10-13 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	1385932
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	BO - Biofyzika
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Radiation domage; radiolytic attack; DNA-protein complex; molecular structure; theoretical modeling; (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav jaderné fyziky AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	9 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	9 (xsd:int)
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2004
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2004
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV0-AB2001
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Vyvinutá metodika pro predikci poškození biomolekul produkty radiolýzy byla použita pro komplexy lac operátoru s lac represorem a DNA oligomerů s Fpg a hOGG1 proteiny. Byl stanoven vliv interakce partnerů na výtěžky a rozdělení poškození. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA-protein complex molecular structure radiolytic attack theoretical modeling Radiation domage
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Predicting radiation damage distribution in biomolecules Dégradation de lŽADN par les rayonnements ionisants. Influence de la structure et de lŽenvironnement. DNA radiolysis in DNA-protein complex: a stochastic simulation of attack by hydroxyl radicals. Possible implementation of focusing based on Bragg diffraction optics for TOF neutron scattering devices. Radiation damage to DNA-protein complexes Vliv ionizujícího záření na komplex estrogenového receptoru s DNA Simultaneous Measurement of Two Strain Components with Equal Resolution and Detector Signal by Neutron Diffraction. Radiolýza komplexů DNA s proteiny Radiation affects binding of Fpg repair protein to an abasic site containing DNA
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1048103/2001/ico%3A61389005 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1048103/2002/ico%3A61389005 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1048103/2003/ico%3A61389005 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1048103/2004/ico%3A61389005

Faceted Search & Find service v1.16.116 as of Feb 22 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3239 as of Feb 22 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 82 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software