About: NMR study of interaction of cisplatined G/T mismatched DNA substrate with protein MutS

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: NMR study of interaction of cisplatined G/T mismatched DNA substrate with protein MutS Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GP202/08/P416
Description	The DNA mismatch repair (MMR) system corrects mispaired or unpaired bases as well as other DNA lesions, thus plays a critical role in sensitizing both prokaryotic and eukaryotic cells to the clinically potent anticancer drug cisplatin. It is thought to mediate cytotoxicity through recognition of cisplatin DNA lesions. In this study, interaction of MutS protein with site-specifically modified DNA oligonucleotides containing cisplatin cross-links will be investigated using mainly NMR spectrosopy. With the use of the latest advancements in the field and utilizing molecular modeling, complex formed by the DNA adduct with the MutS will be determined. The scope of this structural study is helping to understand the prerequisite step - recognition of the DNA cisplatin lesions - in the chain of events leading to cisplatin cytotoxicity mediated by MMR. (en) Systém oprav mismatchů (MMR) DNA opravuje špatně spárované a nebo nespárované base stejně tak jako ostatní poruchy DNA, čímž hraje kritickou úlohu v prokaryotických a eukariotických buňkách při rozpoznání protinádorového léčiva cisplatiny. Předpokládá se, že tento systém způsobuje cytotoxicitu rozpoznáním poruch na DNA zapříčiněnými cisplatinou. V tomto projektu bude studována interakce mezi proteinem MutS a cisplatinovanou DNA. Jako hlavní fyzikálně chemická metoda pro popis této interakce na atomární úrovni bude použita NMR. Za použití nejnovějších metod v oblasti NMR a molekulového modelování bude určena struktura complexu vzniklého interagujícími molekulami. Cílem projektu je napomoci pochopení prvního nezbytného kroku, tj. rozpoznání poškození cisplatinované DNA, v sérii reakcí, které vedou k cytotoxicitě cisplatiny zprostředkovávané MMR systémem.
Title	NMR study of interaction of cisplatined G/T mismatched DNA substrate with protein MutS (en) Studium interakce mezi cisplatinovanou G/T %22mismatched%22 DNA s proteinem MutS pomocí NMR
skos:notation	GP202/08/P416
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP202%2F08%2FP416/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP202%2F08%2FP416/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-03-20 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	82381573
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	BO - Biofyzika
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	cisplatin; DNA; NMR; protein-DNA interaction; MutS; mismatch (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2010-04-16 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/202%2F08%2FP416
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2010
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2011
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02008GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2010-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2008-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	The research project was focused mainly on the characterization of an unusual inter-strand crosslink that is formed between G6 and G11 (crosslinked bases marked with asterisk) d(C1C2T3T4G5G6T7C8T9C10)-d(G11A12G13A14C15C16A17A18G19G20). Conversion of intra-strand crosslink to inter-strand crosslink after approx. 48-72 hours confirms the kinetic instability of the Pt-N7 bond in the (en) Vědeckým přínosem projektu je zejména charakterizace neobvyklého inter-řetězcového kroslinku, který je tvořen mezi G6 a G11 (báze označené hvězdičkou) d(C1C2T3T4G5G6T7C8T9C10)-d(G11A12G13A14C15C16A17A18G19G20). Přeměna intra-řetězcového na inter-řetězcový kroslink po cca 48-72 hod. dokládá kinetickou nestabilitu vazby Pt-N v DNA strukturách. NMR spektra obou sloučenin bylo možné měřit při teplo (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	cisplatin DNA MutS NMR protein-DNA interaction
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Unusual Interstrand Pt(S,S-diaminocyclohexane)-GG Crosslink Formed by Rearrangement of a Classical Intrastrand Crosslink Within a DNA Duplex Platinum-DNA interstrand crosslinks: Molecular determinants of bending and unwinding of the double helix
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP202%2F08%2FP416/2008/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP202%2F08%2FP416/2009/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP202%2F08%2FP416/2010/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP202%2F08%2FP416/2011/orjk%3A14310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 84 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software