About: Construction and exploration of more effective gene libraries comprising the total microbial environmental gene pool (DNA and mRNA) of polluted sites

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Construction and exploration of more effective gene libraries comprising the total microbial environmental gene pool (DNA and mRNA) of polluted sites Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA204/06/0458
Description	Samples from biofilters and contaminated soils will serve as sources of total microbial genetic material, which will be placed into environmental gene libraries. We will use three different methods for the construction of the gene libraries. (1) Total bacterial DNA will be inserted into a bacterial vector; (2) total eukaryotic DNA will be inserted into a shuttle vector; (3) total mRNA will be reverse transcribed into cDNA and inserted into an expression vector. The gene libraries will be screened in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae for the presence of novel enzymatic activities encoded by new pyranose oxidase and epoxide hydrolase genes. We will use substrates that are known to be not efficiently converted into products. The enzymatic activities will be characterised by HPLC, chiral gas chromatography, and mass spectrometry. The goal of the project is to work out new techniques for the construction of more effective gene libraries, using pyranose oxidases and epoxide hydrolases as (en) Budou konstruovány genové banky z celkového genetického fondu mikrobiálních vzorků odebraných z biofiltrů nebo ropou kontaminovaných půd na základě tří odlišných metodických postupů. (1) Celková bakteriální DNA bude vložena do bakteriálního vektoru; (2) celková eukaryotická DNA bude vložena do kyvadlového vektoru; (3) celková mRNA bude přepsána do cDNA a vložena do expresního vektoru. Genové banky budou prozkoumány z hlediska výskytu nových aktivit pyranosaoxidas a epoxidhydrolas v hostitelích Escherichia coli a Saccharomyces cerevisiae. Pro tento účel budou používány substráty, o kterých je známo, že nejsou enzymy efektivně převedeny na produkty. Aktivity nově objevených enzymů budou charakterizovány pomocí HPLC, chirálně selektivní plynové chromatografie a hmotnostní spektroskopie. Cílem projektu je vypracovat nové postupy při konstrukci účinnějších genových bank a nalezení nových pyranosaoxidas a epoxidhydrolas na základě vypracovaných metod.
Title	Construction and exploration of more effective gene libraries comprising the total microbial environmental gene pool (DNA and mRNA) of polluted sites (en) Konstrukce a prozkoumání účinnějších genových bank z celkového genetického fondu (DNA, mRNA) mikrobiálních vzorků odebraných ze znečištěných lokalit
skos:notation	GA204/06/0458
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F06%2F0458/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F06%2F0458/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2009-10-22 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	68674417
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EI - Biotechnologie a bionika
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	gene libraries; total environmental gene pool; novel enzymes; biotechnology (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2008-04-25 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/204%2F06%2F0458
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2008
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2009
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02006GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2008-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2006-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Byla vypracována nová účinná metoda na základě PCR pro získání neznámých epoxidhydrolas z metagenomu (celkové DNA izolované z půdních vzorků). Metagenom je považován za téměř nevyčerpatelný zdroj nových genů z neznámých a nekultivovatelných mikroorganism (cs) We established a novel and efficient method (based on PCR) for the selective amplification of genes encoding epoxide hydrolases from the metagenome. The metagenome (total environmental DNA) is considered as an almost unlimited source of novel genes from (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	novel enzymes total environmental gene pool gene libraries
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Environmental DNA as a source of a novel epoxide hydrolase reacting with aliphatic terminal epoxides Novel genes retrieved from environmental DNA by polymerace chain reaction: current genome-walking techniques for future metagenome applications Access to enantiopure aromatic epoxides and diols using epoxide hzdrolases derived from total biofilter DNA Cloning of an epoxide hydrolase-encoding gene from Aspergillus niger M200, overexpression in E. coli, and modification of aktivity and enantioselectivity of the enzyme by protein engineering
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F06%2F0458/2006/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F06%2F0458/2007/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F06%2F0458/2008/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F06%2F0458/2009/ico%3A61388971

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 84 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software