About: Study of structure and interactions critical for formation of immature retroviral particles for testing and rational design of HIV assembly inhibitors

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Study of structure and interactions critical for formation of immature retroviral particles for testing and rational design of HIV assembly inhibitors Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA14-15326S
Description	Assembly of immature retroviral particle is driven by oligomerization of polyprotein precursor, which is upon virus release, cleaved into structural proteins that rearrange into mature, infectious particle. Immature particle formation is mediated by mutual interactions of N- and C-terminal subunits (NTD and CTD, respectively) of capsid protein (CA) as well as nucleocapsid protein and nucleic acids. This proposal originates from the 8Å structure of immature particle with substantially distinct CA-CA interactions from those in mature virion. We will characterize in detail CA regions critical for formation of immature and mature particles and interactions participating in their stabilization. We will use rational in silico inhibitor design to search for the assembly inhibitors. The activity of selected inhibitors will be evaluated using our assay kit. The CA interaction interfaces with inhibitors will be determined using NMR spectroscopy. The best inhibitors will be tested for their cytotoxicity and effect on HIV-1 infectivity. (en) Nezralá retrovirová částice vzniká oligomerizací polyproteinového prekursoru, který je po uvolnění viru z buňky štěpen na strukturní proteiny a vzniká zralá, infekční částice. Skládání nezralé virové částice je zprostředkováno vzájemnými interakcemi N-terminální (NTD) a C-terminální (CTD) podjednotky kapsidového proteinu (CA), a nukleokapsidového proteinu s nukleovou kyselinou. Návrh projektu, řešeného ve spolupráci ÚOCHB AVČR a VŠCHT Praha, je založen na dlouholeté spolupráci v oblasti skládání retrovirů a vychází z námi vyřešené 8Å struktury nezralé částice s významně odlišnými CA-CA interakcemi od zralého viru. Cílem projektu je detailní charakterizace oblastí CA, kritických pro tvorbu nezralé i zralé částice a interakcí, které je stabilizují. Pro nalezení inhibitoru skládání nezralých HIV-1 částic, využijeme racionální in silico design inhibitorů. U inhibitorů ověřených naší metodou pro testování inhibice skládání in vitro bude NMR spektroskopií stanoveno interakční rozhraní CA-inhibitor. U nejlépe vázajících se sloučenin bude stanovena cytotoxicita a vliv na infektivitu HIV.
Title	Study of structure and interactions critical for formation of immature retroviral particles for testing and rational design of HIV assembly inhibitors (en) Studium struktury a klíčových interakcí vedoucích k tvorbě nezralých retrovirových částic pro testování a racionální návrh inhibitorů skládání HIV.
skos:notation	GA14-15326S
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA14-15326S/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA14-15326S/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100793292
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	retrovirus, HIV, assembly, capsid protein (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-31 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/14-15326S
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA0201400001
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVB
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2016-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2014-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZB
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	retrovirus HIV assembly
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Role of Mason-Pfizer monkey virus CA-NC spacer peptide-like domain in assembly of immature particles Stabilization of the beta-hairpin in Mason-Pfizer monkey virus capsid protein- a critical step for infectivity
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA14-15326S/2014/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA14-15326S/2014/orjk%3A22330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA14-15326S/2015/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA14-15326S/2015/orjk%3A22330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA14-15326S/2016/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA14-15326S/2016/orjk%3A22330

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 120 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software