About: Building of RNA and DNA double helices into electron density

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Building of RNA and DNA double helices into electron density Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
Description	A method has been developed that automatically fits doublehelical regions into the electron density of nucleic acid structures. Rigid fragments consisting of two Watson–Crick base pairs and three pairs of phosphate groups in the A-type or B-type conformation are positioned into the electron density by phased rotation and translation functions. The position and orientation of the localized double-helical fragments are determined by phased refinement. The method has been tested by building double-helical regions of nine RNA structures of variable crystallographic resolution and polynucleotide length and is available for free use. A method has been developed that automatically fits doublehelical regions into the electron density of nucleic acid structures. Rigid fragments consisting of two Watson–Crick base pairs and three pairs of phosphate groups in the A-type or B-type conformation are positioned into the electron density by phased rotation and translation functions. The position and orientation of the localized double-helical fragments are determined by phased refinement. The method has been tested by building double-helical regions of nine RNA structures of variable crystallographic resolution and polynucleotide length and is available for free use. (en) Byla vyvinuta metoda automatického fitování dvoušrobovicových úseků RNA a DNA molekul do elektronových hustot. Konformačně tuhé fragmenty sestávající ze dvou párů ve Watson-Crickově uspořádání a tří párů fosfátových skupin v konformaci typu A nebo B jsou umístěny do elektronové hustoty fázovými rotačními a translačními funkcemi. Poloha a orientace umístěného fragmentu jsou dale upřesněny. Metoda byla testována modelováním dvoušrobovicových úseků devíti krystalových struktur RNA s různým krystalografickým rozlišením a délkou řetězce. Příslušný program je volně k disposici pro vědecké využití. (cs)
Title	Building of RNA and DNA double helices into electron density Building of RNA and DNA double helices into electron density (en) Modelování dvoušroubovic RNA a DNA do elektronové hustoty (cs)
skos:prefLabel	Building of RNA and DNA double helices into electron density Building of RNA and DNA double helices into electron density (en) Modelování dvoušroubovic RNA a DNA do elektronové hustoty (cs)
skos:notation	RIV/61388963:_____/08:00316074!RIV09-AV0-61388963
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P Z
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(GA204/06/1007), P(LC512), Z(AV0Z40550506)
http://linked.open...iv/cisloPeriodika	6
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2009
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Schneider, Bohdan
http://linked.open.../riv/druhVysledku	J - Článek v odborném periodiku
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...titaPredkladatele	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...dnocenehoVysledku	358622
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/61388963:_____/08:00316074
http://linked.open...riv/jazykVysledku	eng - angličtina
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	RNA; double helix; x-ray crystallography (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	x-ray crystallography RNA double helix
http://linked.open...odStatuVydavatele	DK - Dánské království
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[D7910D9A951C]
http://linked.open...i/riv/nazevZdroje	Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	CF
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	1 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Center for biomolecules and complex molecular systems Automac interpretation of electron density maps for structure genomics
http://linked.open...UplatneniVysledku	2008
http://linked.open...v/svazekPeriodika	64
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Schneider, Bohdan Pavelčík, F.
http://linked.open...ain/vavai/riv/wos	000255870800002
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer	Regulace biologických procesů: Chemické modulátory vybraných systémů významných pro medicínu a zemědělství
issn	0907-4449
number of pages	7 (xsd:int)
is http://linked.open...avai/riv/vysledek of	Building of RNA and DNA double helices into electron density Building of RNA and DNA double helices into electron density Building of RNA and DNA double helices into electron density Building of RNA and DNA double helices into electron density

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software