About: Uncoupling of DNA restriction and DNA translocation functions of EcoR124I restriction-modification enzyme

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Uncoupling of DNA restriction and DNA translocation functions of EcoR124I restriction-modification enzyme - a potential melecular motor Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA204/03/1011
Description	The ability of type I restriction-modification enzyme to translocate DNA preceding restriction makes them to act as an intelligent molecular motor. We have experience with the complex enzyme EcoR124I existing in bacterial cell in equilibrium of R1M2S1and R2M2S1 complexes. Complex with only one HsdR subunit is not able to cleave DNA but retains DNA translocation ability. Therefore, there is an opportunity of studying this enzyme as a molecular motor without problems associated with DNA cleavage.However under certain circumstances even the R1-complex is able to restrict DNA. To eliminate completely this possibility we will focus on site-directed mutagenesis of three conserved amino acid residues in the endonuclease motif of HsdR subunit. We willanalyse the ability of mutant enzyme to translocate DNA across the membrane in vitro using membrane vesicles. The elongation factor Tu, a molecular switch, will be studied as a means of controlling the motor. (en) Schopnost restrikčně-modifikačních enzymů translokovat DNA před vlastním štěpením činí z těchto enzymů inteligentní molekulární motor. Máme zkušenosti s komplexním enzymem EcoR124I, který se vyskytuje v bakteriální buňce ve formě dvou komplexů R1M2S1 aR2M2S1, jež jsou ve vzájemné rovnováze. Komplex obsahující jen jednu podjednotku HsdR není schopen štěpit DNA, ale zachovává si schopnost DNA translokovat. Tím se nabízí možnost studovat tento enzym jako molekulární motor bez problémů spojených srestrikcí. Je však známo, že za určitých okolností i R1-komplex může štěpit DNA. Abychom zcela odstranili tuto možnost chceme se zaměřit na řízenou mutagenezi tří konzervovaných aminokyselinových zbytků endonukleasového motivu podjednotky HsdR. Schopnostmutantního enzymu translokovat DNA přes membránu budeme analyzovat in vitro pomocí membranových váčků. Bude studována možnost využití elongačního faktoru Tu jako molekulárního spínače v regulaci molekulárního motoru EcoR124I.
Title	Uncoupling of DNA restriction and DNA translocation functions of EcoR124I restriction-modification enzyme - a potential melecular motor (en) Rozpřažení DNA restrikční a DNA translokační funkce restrikčně-modifikačního enzymu EcoR124I - potenciálního molekulárního motoru
skos:notation	GA204/03/1011
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F03%2F1011/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F03%2F1011/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2009-01-15 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	33434156
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Neuvedeno. (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2005
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2003
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2006
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02003GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Type I restriction-modification enzymes able to translocate DNA preceding restriction, in process driven by their own ATPase activity, represent an important molecular motors. The HsdR motor subunit has amino-acid sequence motifs typical of the superfami (en) Restrikčně modifikační enzymy Typu I schopné translokovat DNA před vlastním štěpením, v procesu poháněném díky jejich vlastní ATPasové aktivitě, představují důležitý molekulární motor. Motorová podjednotka HsdR obsahuje aminokyselinové sekvence charakte (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Subunit Assembly Mutants of the Type I R-M enzyme EcoR1241 Family dependent variations in membrane topology of the Type I Restriction-Modification enzymes Post-Translational Modification(s) and Cell Distribution of Streptomyces aureofaciens Translation Elongation Factor Tu Overproduced in Escherichia coli Mutagenic analysis of the endonuclease catalytic motif of the hsdR subunit of Type IC enzyme EcoR1241 Structural model for the multisubunit Type IC restriction-modification DNA methyltransferase M.EcoR124I in complex with DNA Uncoupling DNA restriction and DNA translocation functions of type I restriction modification enzyme ECOR124RI - a potential molecular motor. Cellular localization of Type I restriction-modification enzymes is family dependent
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F03%2F1011/2003/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F03%2F1011/2004/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F03%2F1011/2005/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F03%2F1011/2006/ico%3A61388971

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 114 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software