Národní referenční centrum v rámci své činnosti zejména: a) vyvíjí, udržuje a poskytuje všechny nezbytné klasifikace a klasifikační systémy sloužící k popisu a klasifikaci zdravotních služeb a okolností jejich poskytování, a dále udržuje příslušnou zdravotnickou terminologii a nomenklaturu, b) vyvíjí a poskytuje software a metodiky k jejich správnému užívání, popřípadě poskytuje školení v klasifikačních systémech a metodikách jejich užití, c) shromažďuje data, vytváří a spravuje reprezentativní datovou bázi, na základě které je možné kalkulovat relativní nákladové indexy (relativní váhy) pro klasifikační systémy (DRG) a/nebo pro ceníky použité k platbě za službu (tzv. referenční databáze), d) vyvíjí, definuje a udržuje standardní datové sady pro vykazování různých typů zdravotních služeb, definuje též datové rozhraní pro předávání těchto dat v rámci administrace kontraktů mezi zdravotními pojišťovnami a poskytovateli zdravotních služeb, e) navrhuje systém ukazatelů charakterizujících kvalitu a efektivitu předmětné zdravotní péče a ověřuje významnost a použitelnost těchto ukazatelů v procesu poskytování zdravotní péče, f) poskytuje odborná stanoviska k vybraným oblastem v systému veřejného zdravotního pojištění, g) slouží jako platforma pro jednání o doporučených klinických postupech, včetně účelnosti a podmínek koncentrace vybraných druhů zdravotní péče a potřebnosti vybrané zdravotnické techniky, včetně přípravy technických podkladů pro tato jednání, h) vede a spravuje clearingové centrum pro účely provádění veřejného zdravotního pojištění, zejména v souvislosti se sledováním distribuováním, skladováním a aplikováním očkovacích látek pro pravidelná očkování hrazená z veřejného zdravotního pojištění, i) vytváří, spravuje a rozvíjí Informační systém pro sběr a analýzu dat o vysoce inovativních léčivých přípravcích.