This HTML5 document contains 51 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n12http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081998%21RIV07-AV0-68081707/
n8http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/riv/tvurce/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n16http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/zamer/
shttp://schema.org/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n9http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/klicoveSlovo/
n11http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/duvernostUdaju/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/jazykVysledku/
n13http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/aktivita/
n15http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/obor/
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/druhVysledku/
n18http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081998%21RIV07-AV0-68081707
rdf:type
n5:Vysledek skos:Concept
dcterms:description
The genome of the human hepatitis delta virus (HDV) harbors a self-cleavage catalytic RNA motif, the genomic HDV ribozyme, whose crystal structure shows the dangling nucleotides 5' of the cleavage site projecting away from the catalytic core. This 5' sequence contains a clinically conserved U-1 that we find essential for fast cleavage. Molecular dynamics simulations demonstrate that a U-1 forms the robust kink around the scissile phosphate, exposing it to the catalytic C75 in a previously unnoticed U-turn motif found also, for example, in the hammerhead ribozyme and tRNAs. We find that the common structural U-turn motif serves distinct functions in the HDV and hammerhead ribozymes. Genom lidského hepatitis delta viru (HDV) obsahuje samoštěpicí se katalytický RNA motiv, genomický HDV ribozyme, jehož krystalová struktura ukazuje volné nukleotidy 5' místa štěpení vyčnívající mimo katalytického jádra. Tato 5' sekvence obsahuje klinicky konzervovaný U-1, který je, jak jsme zjistili, esenciální pro rychlé štěpení. Molekulově dynamické simulace ukazují, že U-1 tvoří robustní ohyb kolem štěpitelného fosfátu, vystavujíc ho ku katalytickému C75 v předtím nepovšimnutém U-turn motivu, který se nachází např. v hammerhead ribozymu nebo tRNA. Zjistili jsme, že tento běžný strukturní U-turn motiv má rozdílné funkce v HDV a hammerhead ribozymu. The genome of the human hepatitis delta virus (HDV) harbors a self-cleavage catalytic RNA motif, the genomic HDV ribozyme, whose crystal structure shows the dangling nucleotides 5' of the cleavage site projecting away from the catalytic core. This 5' sequence contains a clinically conserved U-1 that we find essential for fast cleavage. Molecular dynamics simulations demonstrate that a U-1 forms the robust kink around the scissile phosphate, exposing it to the catalytic C75 in a previously unnoticed U-turn motif found also, for example, in the hammerhead ribozyme and tRNAs. We find that the common structural U-turn motif serves distinct functions in the HDV and hammerhead ribozymes.
dcterms:title
The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis Genomický HDV ribozym využívá předtím nepovšimnutý U-turn motiv na rychlou site-specific katalýzu The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis
skos:prefLabel
The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis Genomický HDV ribozym využívá předtím nepovšimnutý U-turn motiv na rychlou site-specific katalýzu
skos:notation
RIV/68081707:_____/07:00081998!RIV07-AV0-68081707
n3:strany
1933;1946
n3:aktivita
n13:Z n13:P
n3:aktivity
P(1QS500040581), P(GA203/05/0009), P(GA203/05/0388), P(IAA400550701), P(LC512), Z(AV0Z40550506), Z(AV0Z50040507)
n3:cisloPeriodika
6
n3:dodaniDat
n18:2007
n3:domaciTvurceVysledku
n8:3223779 n8:6222684
n3:druhVysledku
n14:J
n3:duvernostUdaju
n11:S
n3:entitaPredkladatele
n12:predkladatel
n3:idSjednocenehoVysledku
423204
n3:idVysledku
RIV/68081707:_____/07:00081998
n3:jazykVysledku
n17:eng
n3:klicovaSlova
hepatitis delta virus; molecular dynamics; self-cleavage
n3:klicoveSlovo
n9:molecular%20dynamics n9:hepatitis%20delta%20virus n9:self-cleavage
n3:kodStatuVydavatele
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
n3:kontrolniKodProRIV
[523C63B3477D]
n3:nazevZdroje
Nucleic Acids Research
n3:obor
n15:BO
n3:pocetDomacichTvurcuVysledku
2
n3:pocetTvurcuVysledku
4
n3:projekt
n4:IAA400550701 n4:1QS500040581 n4:GA203%2F05%2F0388 n4:LC512 n4:GA203%2F05%2F0009
n3:rokUplatneniVysledku
n18:2007
n3:svazekPeriodika
35
n3:tvurceVysledku
Šefčíková, J. Walter, N. G. Krasovská, Maryna V. Šponer, Jiří
n3:zamer
n16:AV0Z50040507 n16:AV0Z40550506
s:issn
0305-1048
s:numberOfPages
14