This HTML5 document contains 51 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n11http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/riv/tvurce/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n15http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n10http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/zamer/
shttp://schema.org/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/
n17http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081633%21RIV07-AV0-68081707/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n9http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/klicoveSlovo/
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/duvernostUdaju/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n12http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/jazykVysledku/
n8http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/aktivita/
n13http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/druhVysledku/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/obor/
n7http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081633%21RIV07-AV0-68081707
rdf:type
skos:Concept n15:Vysledek
dcterms:description
The self-cleaving hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is essential for the replication of HDV, a liver disease causing pathogen in humans. The catalytically critical nucleotide C75 of the ribozyme is buttressed by a trefoil turn pivoting around an extruded G76. In all available crystal structures, the conformation of G76 is restricted by stacking with G76 of a neighboring molecule. To test whether this crystal contact introduces a structural perturbation into a catalytic core, we have analyzed ~200 ns of molecular dynamics simulations. The self-cleaving hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is essential for the replication of HDV, a liver disease causing pathogen in humans. The catalytically critical nucleotide C75 of the ribozyme is buttressed by a trefoil turn pivoting around an extruded G76. In all available crystal structures, the conformation of G76 is restricted by stacking with G76 of a neighboring molecule. To test whether this crystal contact introduces a structural perturbation into a catalytic core, we have analyzed ~200 ns of molecular dynamics simulations. Samoštěpení HDV ribozymu je esenciální pro replikaci HDV, lidského patogenu jater. Katalyticky důležitý nukleotid C75 je podporován uspořádáním do trojlístku kolem vytěsněného G76. Ve všech dostupných krystalových strukturách je konformace G76 omezená stackingem s G76 sousedící molekuly. Za účelem zjistit, jestli tento krystalový kontakt vnáší nebo nevnáší strukturní chybu do katalytického jádra, jsme analyzovali cca 200 ns molekulově dynamických simulací.
dcterms:title
Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme Vliv vytěsněného nukleotidu na aktivitu štěpení a konformační dynamiku katalytického jádra hepatitis delta virus ribozymu Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme
skos:prefLabel
Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme Vliv vytěsněného nukleotidu na aktivitu štěpení a konformační dynamiku katalytického jádra hepatitis delta virus ribozymu Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme
skos:notation
RIV/68081707:_____/07:00081633!RIV07-AV0-68081707
n3:strany
392;406
n3:aktivita
n8:P n8:Z
n3:aktivity
P(1QS500040581), P(GA203/05/0009), P(GA203/05/0388), P(LC512), Z(AV0Z50040507)
n3:cisloPeriodika
5-6
n3:dodaniDat
n7:2007
n3:domaciTvurceVysledku
n11:7167830 n11:6222684 n11:3223779
n3:druhVysledku
n13:J
n3:duvernostUdaju
n18:S
n3:entitaPredkladatele
n17:predkladatel
n3:idSjednocenehoVysledku
425545
n3:idVysledku
RIV/68081707:_____/07:00081633
n3:jazykVysledku
n12:eng
n3:klicovaSlova
conformational dynamics; hepatitis delta virus; molecular dynamics
n3:klicoveSlovo
n9:conformational%20dynamics n9:molecular%20dynamics n9:hepatitis%20delta%20virus
n3:kodStatuVydavatele
US - Spojené státy americké
n3:kontrolniKodProRIV
[1214AA483A7F]
n3:nazevZdroje
Biopolymers
n3:obor
n5:BO
n3:pocetDomacichTvurcuVysledku
3
n3:pocetTvurcuVysledku
5
n3:projekt
n4:GA203%2F05%2F0388 n4:1QS500040581 n4:LC512 n4:GA203%2F05%2F0009
n3:rokUplatneniVysledku
n7:2007
n3:svazekPeriodika
85
n3:tvurceVysledku
Walter, N. G. Šponer, Jiří Špačková, Naděžda Šefčíková, J. Krasovská, Maryna V.
n3:zamer
n10:AV0Z50040507
s:issn
0006-3525
s:numberOfPages
15