This HTML5 document contains 49 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n16http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/riv/tvurce/
n13http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n7http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/zamer/
shttp://schema.org/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n12http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/RIV%2F61388963%3A_____%2F07%3A00090298%21RIV08-AV0-61388963/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/klicoveSlovo/
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/duvernostUdaju/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/aktivita/
n11http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/jazykVysledku/
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/obor/
n15http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/druhVysledku/
n9http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:RIV%2F61388963%3A_____%2F07%3A00090298%21RIV08-AV0-61388963
rdf:type
skos:Concept n13:Vysledek
dcterms:description
Povrchy potenctialní energie vybraných trimerů bází nukleových kyselin byly zkoumaány metodu molekulové dynamiky spojené s quenchingem. Nejstabilnější struktury pak byly dále reoptimizovány metodou MP2. Bylo zjištěno že narozdíl od nemethylovaných trimerů, pro které jsou preferovány planární vodíkově vázané struktury, jsou u methylovaných trimerů preferovány struktury v patrovém uspařádání páru zatímco třetí báze je na tento pár orientována téměř kolmo. A complete scan of the potential energy surfaces for selected DNA base trimers has been performed by a molecular dynamics/quenching technique using the force field of Cornell et al. implemented in the AMBER7 program. The resulting most stable/populated structures were then reoptimized at a correlated ab initio level employing Resolution of the Identity Møller–Plesset second-order perturbation theory (RI-MP2). We found that stacked structures of two bases with the third base in a T-shape arrangement are the global minima in all of the methylated systems: they are more stable than the cyclic planar structures by about 10 kcalmol-1. The different behavior of non-methylated and methylated trimers is discussed. A complete scan of the potential energy surfaces for selected DNA base trimers has been performed by a molecular dynamics/quenching technique using the force field of Cornell et al. implemented in the AMBER7 program. The resulting most stable/populated structures were then reoptimized at a correlated ab initio level employing Resolution of the Identity Møller–Plesset second-order perturbation theory (RI-MP2). We found that stacked structures of two bases with the third base in a T-shape arrangement are the global minima in all of the methylated systems: they are more stable than the cyclic planar structures by about 10 kcalmol-1. The different behavior of non-methylated and methylated trimers is discussed.
dcterms:title
DNA base trimers: empirical and quantum chemical ab initio calculations Trimery bází nukleových kyselin – empirické a kvantově chemické výpočty - srovnání s experimentem ve vakuu DNA base trimers: empirical and quantum chemical ab initio calculations
skos:prefLabel
DNA base trimers: empirical and quantum chemical ab initio calculations DNA base trimers: empirical and quantum chemical ab initio calculations Trimery bází nukleových kyselin – empirické a kvantově chemické výpočty - srovnání s experimentem ve vakuu
skos:notation
RIV/61388963:_____/07:00090298!RIV08-AV0-61388963
n3:strany
2067;2077
n3:aktivita
n14:P n14:Z
n3:aktivity
P(GA203/05/0009), P(LC512), Z(AV0Z40550506)
n3:cisloPeriodika
7
n3:dodaniDat
n9:2008
n3:domaciTvurceVysledku
n4:1890646 n4:2932016
n3:druhVysledku
n15:J
n3:duvernostUdaju
n18:S
n3:entitaPredkladatele
n12:predkladatel
n3:idSjednocenehoVysledku
417765
n3:idVysledku
RIV/61388963:_____/07:00090298
n3:jazykVysledku
n11:eng
n3:klicovaSlova
ab initio calculations; nucleic acid bases trimer; empirical force field; Amber; potential energy surface
n3:klicoveSlovo
n5:ab%20initio%20calculations n5:potential%20energy%20surface n5:nucleic%20acid%20bases%20trimer n5:Amber n5:empirical%20force%20field
n3:kodStatuVydavatele
DE - Spolková republika Německo
n3:kontrolniKodProRIV
[67C49296EBF3]
n3:nazevZdroje
Chemistry - A European Journal
n3:obor
n17:CF
n3:pocetDomacichTvurcuVysledku
2
n3:pocetTvurcuVysledku
4
n3:projekt
n16:LC512 n16:GA203%2F05%2F0009
n3:rokUplatneniVysledku
n9:2007
n3:svazekPeriodika
13
n3:tvurceVysledku
Sherer, E. C. Hobza, Pavel Kabeláč, Martin Cramer, Ch. J.
n3:zamer
n7:AV0Z40550506
s:issn
0947-6539
s:numberOfPages
11