This HTML5 document contains 60 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/typAkce/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n23http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/RIV%2F60461373%3A22330%2F11%3A43891899%21RIV12-MSM-22330___/
n21http://localhost/temp/predkladatel/
n19http://purl.org/net/nknouf/ns/bibtex#
n20http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n10http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/riv/tvurce/
n15http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/subjekt/
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n7http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/zamer/
n3https://schema.org/
shttp://schema.org/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
n4http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n9http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/klicoveSlovo/
n13http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/duvernostUdaju/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/jazykVysledku/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/aktivita/
n22http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/druhVysledku/
n12http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/obor/
n16http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:RIV%2F60461373%3A22330%2F11%3A43891899%21RIV12-MSM-22330___
rdf:type
n14:Vysledek skos:Concept
dcterms:description
Mikrobiální diversita a aktivita v prostředí je ovlivňována nejrůznějšími biotickými i abiotickými vlivy. Jedním z významných abiotických faktorů, které mohou ovlivňovat mikroorganismy vyskytující se v daném prostředí, je stres spojený s přítomností xenobiotik. Efektivita bakteriální biodegradace xenobiotik je závislá na enzymatické výbavě buňky. Jednotlivé enzymy se zejména liší v jejich aktivitě a v substrátové specifitě. Metagenomika umožňuje popsat diverzitu vybraných enzymů ve vzorku reálného prostředí. Namísto proteinů se pracuje s DNA, která je přepsána do proteinové sekvence. Odpadá tak problematická izolace proteinů i náročná manipulace s nimi. Velké množství dat, která jsou generována, je nutné zpracovat pomocí bioinformatických nástrojů. Cílem studie bylo popsat diverzitu genů kódujících funkční geny pro bifenyldioxygenasy (bphA) a benzoátdioxygenasy (benA) přítomné v kontaminované zemině (Lhenice, Česká Republika). Byla provedena pyrosekvenace amplikonů na systému GS FLX Titanium, kterým je možno získat několik tisíc sekvencí o délce až 700 bp. Ze souborů dat byly odstraněny záznamy s nízkou kvalitou a sekvence byly následně zpracovány bioinformatickými nástroji Functional Gene Pipeline. Výsledky získané v této práci ukázaly praktický přínos metagenomiky v environmentální mikrobiologii a bioremediačním výzkumu. In the environment, diversity and activity of microorganisms are influenced by a variety of stimuli. One of the most significant factors is the abiotic stress caused by the presence of xenobiotics. The efficiency of biodegradation depends on enzymatic capabilities of individual cells. Enzymes themselves differ in activity and substrate specificity. The use of metagenomics enables one to describe diversity of selected enzymes in environmental samples. It exploits DNA which is translated into protein sequences rather than proteins themselves; problematic issues such as protein isolation and protein handling are thereby omitted. Extreme amounts of data that are produced require powerful bioinformatics tools to be employed. The aim of this study was to investigate the diversity of functional genes encoding for biphenyl dioxygenases (bphA) and benzoate dioxygenases (benA) present in contaminated soil (Lhenice, Czech Republic). For the pyrosequencing of the genes, GS FLX Titanium system was applied. This system can generate thousands of sequences that can be up to ~700 bp long. Bad quality reads were removed using appropriate quality filters. Bioinformatics tools of Functional Gene Pipeline were employed to process the data. The diversity of functional genes discovered in this study showed sequence discrepancies with already known cultured biphenyl degraders. This indicates major bias of diversity analysis based solely on cultured microorganisms and highlights metagenomics as an effective tool of functional environmental microbiology. Mikrobiální diversita a aktivita v prostředí je ovlivňována nejrůznějšími biotickými i abiotickými vlivy. Jedním z významných abiotických faktorů, které mohou ovlivňovat mikroorganismy vyskytující se v daném prostředí, je stres spojený s přítomností xenobiotik. Efektivita bakteriální biodegradace xenobiotik je závislá na enzymatické výbavě buňky. Jednotlivé enzymy se zejména liší v jejich aktivitě a v substrátové specifitě. Metagenomika umožňuje popsat diverzitu vybraných enzymů ve vzorku reálného prostředí. Namísto proteinů se pracuje s DNA, která je přepsána do proteinové sekvence. Odpadá tak problematická izolace proteinů i náročná manipulace s nimi. Velké množství dat, která jsou generována, je nutné zpracovat pomocí bioinformatických nástrojů. Cílem studie bylo popsat diverzitu genů kódujících funkční geny pro bifenyldioxygenasy (bphA) a benzoátdioxygenasy (benA) přítomné v kontaminované zemině (Lhenice, Česká Republika). Byla provedena pyrosekvenace amplikonů na systému GS FLX Titanium, kterým je možno získat několik tisíc sekvencí o délce až 700 bp. Ze souborů dat byly odstraněny záznamy s nízkou kvalitou a sekvence byly následně zpracovány bioinformatickými nástroji Functional Gene Pipeline. Výsledky získané v této práci ukázaly praktický přínos metagenomiky v environmentální mikrobiologii a bioremediačním výzkumu.
dcterms:title
Functional gene diversity present in contamited soil Diversita funkčních genů v kontaminované zemině Diversita funkčních genů v kontaminované zemině
skos:prefLabel
Diversita funkčních genů v kontaminované zemině Functional gene diversity present in contamited soil Diversita funkčních genů v kontaminované zemině
skos:notation
RIV/60461373:22330/11:43891899!RIV12-MSM-22330___
n14:predkladatel
n15:orjk%3A22330
n4:aktivita
n5:S n5:P n5:Z
n4:aktivity
P(2B08031), P(ME09024), S, Z(MSM6046137305)
n4:dodaniDat
n16:2012
n4:domaciTvurceVysledku
n10:5180953 n10:5484464 n10:6537847 n10:6279384 n10:9344721
n4:druhVysledku
n22:D
n4:duvernostUdaju
n13:S
n4:entitaPredkladatele
n23:predkladatel
n4:idSjednocenehoVysledku
195019
n4:idVysledku
RIV/60461373:22330/11:43891899
n4:jazykVysledku
n18:cze
n4:klicovaSlova
454 pyrosequencing; diversity; metagenomics; BenA; BphA
n4:klicoveSlovo
n9:BphA n9:diversity n9:BenA n9:454%20pyrosequencing n9:metagenomics
n4:kontrolniKodProRIV
[3A873DA59463]
n4:mistoKonaniAkce
Třeboň
n4:mistoVydani
Chrudim
n4:nazevZdroje
Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi IV
n4:obor
n12:DK
n4:pocetDomacichTvurcuVysledku
5
n4:pocetTvurcuVysledku
7
n4:projekt
n20:ME09024 n20:2B08031
n4:rokUplatneniVysledku
n16:2011
n4:tvurceVysledku
Musilová, Lucie Macek, Tomáš Cardenes, E. Macková, Martina Uhlík, Ondřej Rídl, Jakub Strejček, Michal
n4:typAkce
n17:CST
n4:zahajeniAkce
2011-10-17+02:00
n4:zamer
n7:MSM6046137305
s:issn
1804-9966
s:numberOfPages
3
n19:hasPublisher
Vodní zdroje Ekomonitor spol.s r.o.
n3:isbn
978-80-86832-61-6
n21:organizacniJednotka
22330