This HTML5 document contains 53 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/riv/tvurce/
n12http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/subjekt/
n8http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n20http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/zamer/
shttp://schema.org/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
rdfshttp://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/
n15http://bibframe.org/vocab/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n9http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/klicoveSlovo/
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/duvernostUdaju/
n19http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/vysledek/RIV%2F26784246%3A_____%2F11%3A%230000425%21RIV12-MZE-26784246/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/jazykVysledku/
n13http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/aktivita/
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/obor/
n7http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/riv/druhVysledku/
n10http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:RIV%2F26784246%3A_____%2F11%3A%230000425%21RIV12-MZE-26784246
rdf:type
n8:Vysledek skos:Concept
rdfs:seeAlso
http://www.springerlink.com/content/h07640m38373872u/
dcterms:description
Mikrosatelity nebo jednoduché sekvenční opakování (SSR) jsou velmi rozšířené kategorie repetitivních sekvencí DNA, které se používají v populační genetice a studiích mapování genetické rozmanitosti. Genetické a evoluční mechanismy z pohledu SSR nejsou zcela objasněny. Tři mikrosatelitní lokusy s různou pozicí v genomu hrachu (Pisum sativum L.), A9 aktivní lokus v LTR oblasti bohaté retrotransposony, AD270 a AF016458 se nacházející se v oblasti genu 5'. Srovnávací analýza 35 párů vzorků od sedmi odrůd vypěstovaných z jednoho semene po deset generací, odhalila jednu 4 bp mutaci v 10. generaci vzorku v AD270 lokusu odpovídající skokovému nárůstu v jedné další ATCT jednotce opakování.Odhadovaná míra mutace byla 4,76 x 10 (-3) na lokus a na generaci, s 95% intervalem spolehlivosti 1,2 x 10 (-4) až 2,7 x 10 (-2). Srovnávací položky odrůdy Bohatýr získané z různých kolekcí genových zdrojů , ukázaly intra a inter-odrůdovou variabilitu v doprovodných a opakovaných sekvencích. Rozdíly ve velikosti fragmentu a střídání sekvencí byly nalezeny i v dlouhodobém horizontu v in vitro organogenní kultuře, založené v roce 1983 svědčící o somatickém mutačním procesu. Důkaz homoplasie byl zjištěn v rámci nezávislých genotypů hrachu, která nepříznivě ovlivňuje spolehlivost genových zdrojů, ale také vysoce prošlechtěného materiálů. Závěry této studie mají důležitý význam pro studium fylogeneze rodu Pisum, určení odrůdy a postup registrace odrůd hrachu, kde míra mutace ovlivňuje genetickou rozmanitost a efektivních odhady velikosti výchozí populace. Microsatellites, or simple sequence repeats (SSRs) are widespread class of repetitive DNA sequences, used in population genetics, genetic diversity and mapping studies. In spite of the SSR utility, the genetic and evolutionary mechanisms are not fully understood. We have investigated three microsatellite loci with different position in the pea (Pisum sativum L.) genome, the A9 locus residing in LTR region of abundant retrotransposon, AD270 as intergenic and AF016458 located in 5'untranslated region of expressed gene. Comparative analysis of a 35 pair samples from seven pea varieties propagated by single-seed descent for ten generations, revealed single 4 bp mutation in 10th generation sample at AD270 locus corresponding to stepwise increase in one additional ATCT repeat unit. The estimated mutation rate was 4.76 x 10(-3) per locus per generation, with a 95% confidence interval of 1.2 x 10(-4) to 2.7 x 10(-2). The comparison of cv. BohatA1/2r accessions retrieved from different collections, showed intra-, inter-accession variation and differences in flanking and repeat sequences. Fragment size and sequence alternations were also found in long term in vitro organogenic culture, established at 1983, indicative of somatic mutation process. The evidence of homoplasy was detected across of unrelated pea genotypes, which adversely affects the reliability of diversity estimates not only for diverse germplasm but also highly bred material. The findings of this study have important implications for Pisum phylogeny studies, variety identification and registration process in pea breeding where mutation rate influences the genetic diversity and the effective population size estimates. Mikrosatelity nebo jednoduché sekvenční opakování (SSR) jsou velmi rozšířené kategorie repetitivních sekvencí DNA, které se používají v populační genetice a studiích mapování genetické rozmanitosti. Genetické a evoluční mechanismy z pohledu SSR nejsou zcela objasněny. Tři mikrosatelitní lokusy s různou pozicí v genomu hrachu (Pisum sativum L.), A9 aktivní lokus v LTR oblasti bohaté retrotransposony, AD270 a AF016458 se nacházející se v oblasti genu 5'. Srovnávací analýza 35 párů vzorků od sedmi odrůd vypěstovaných z jednoho semene po deset generací, odhalila jednu 4 bp mutaci v 10. generaci vzorku v AD270 lokusu odpovídající skokovému nárůstu v jedné další ATCT jednotce opakování.Odhadovaná míra mutace byla 4,76 x 10 (-3) na lokus a na generaci, s 95% intervalem spolehlivosti 1,2 x 10 (-4) až 2,7 x 10 (-2). Srovnávací položky odrůdy Bohatýr získané z různých kolekcí genových zdrojů , ukázaly intra a inter-odrůdovou variabilitu v doprovodných a opakovaných sekvencích. Rozdíly ve velikosti fragmentu a střídání sekvencí byly nalezeny i v dlouhodobém horizontu v in vitro organogenní kultuře, založené v roce 1983 svědčící o somatickém mutačním procesu. Důkaz homoplasie byl zjištěn v rámci nezávislých genotypů hrachu, která nepříznivě ovlivňuje spolehlivost genových zdrojů, ale také vysoce prošlechtěného materiálů. Závěry této studie mají důležitý význam pro studium fylogeneze rodu Pisum, určení odrůdy a postup registrace odrůd hrachu, kde míra mutace ovlivňuje genetickou rozmanitost a efektivních odhady velikosti výchozí populace.
dcterms:title
Odhad mikrosatelitní mutace hrachu (Pisum sativum L.) stanovený na základě analýz rodokmenu a analýzy původu jednoho semene Estimation of pea (Pisum sativum L.) microsatellite mutation rate based on pedigree and single-seed descent analyses Odhad mikrosatelitní mutace hrachu (Pisum sativum L.) stanovený na základě analýz rodokmenu a analýzy původu jednoho semene
skos:prefLabel
Odhad mikrosatelitní mutace hrachu (Pisum sativum L.) stanovený na základě analýz rodokmenu a analýzy původu jednoho semene Odhad mikrosatelitní mutace hrachu (Pisum sativum L.) stanovený na základě analýz rodokmenu a analýzy původu jednoho semene Estimation of pea (Pisum sativum L.) microsatellite mutation rate based on pedigree and single-seed descent analyses
skos:notation
RIV/26784246:_____/11:#0000425!RIV12-MZE-26784246
n8:predkladatel
n12:ico%3A26784246
n3:aktivita
n13:S n13:I n13:Z
n3:aktivity
I, S, Z(MSM2678424601)
n3:cisloPeriodika
4
n3:dodaniDat
n10:2012
n3:domaciTvurceVysledku
n4:2404257 n4:1840851 n4:7711700
n3:druhVysledku
n7:J
n3:duvernostUdaju
n18:S
n3:entitaPredkladatele
n19:predkladatel
n3:idSjednocenehoVysledku
217626
n3:idVysledku
RIV/26784246:_____/11:#0000425
n3:jazykVysledku
n17:cze
n3:klicovaSlova
Homoplasy; Microsatellites; Mutation rate; Pea; Pedigree; Pisum sativum; Simple sequence repeats
n3:klicoveSlovo
n9:Pedigree n9:Simple%20sequence%20repeats n9:Pisum%20sativum n9:Microsatellites n9:Pea n9:Mutation%20rate n9:Homoplasy
n3:kodStatuVydavatele
DE - Spolková republika Německo
n3:kontrolniKodProRIV
[44FAA31D94F8]
n3:nazevZdroje
JOURNAL OF APPLIED GENETICS
n3:obor
n14:EB
n3:pocetDomacichTvurcuVysledku
3
n3:pocetTvurcuVysledku
5
n3:rokUplatneniVysledku
n10:2011
n3:svazekPeriodika
52
n3:tvurceVysledku
Smýkal, Petr Fialová, Eva Hýbl, Miroslav
n3:wos
000295682700002
n3:zamer
n20:MSM2678424601
s:issn
1234-1983
s:numberOfPages
11
n15:doi
10.1007/s13353-011-0058-9