This HTML5 document contains 35 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n16http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/typPojektu/
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/zivotniCyklusProjektu/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/druhSouteze/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n15http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/
n7http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/subjekt/
n11http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/kategorie/
n8http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n12http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/duvernostUdaju/
rdfshttp://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/obor/
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/fazeProjektu/
n10http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP208%2F11%2F1822/
n9http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/soutez/
n19http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/statusZobrazovaneFaze/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/
n20http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/aktivita/

Statements

Subject Item
n2:GAP208%2F11%2F1822
rdf:type
n8:Projekt
rdfs:seeAlso
http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP208/11/1822
dcterms:description
The project will study important features of DNA molecules using state-of-the-art theoretical (computational) approaches: advanced quantum chemical (QM) calculations and explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations. The studied issues will include: In-depth QM characterization of the intrinsic stacking signatures of all ten unique B-DNA base pair steps, using conformational scans, experimental geometries and geometries derived by simulations, with the aim to understand relation between base stacking and B-DNA local conformational variations. These computations will be accompanied by microsecond-scale simulations of specific B-DNA oligomers, such as phased A-tracts. Prediction of intermediates in formation/folding of four-stranded DNA molecules (G-DNA and i-DNA) using MD simulations and free energy computations. Complete QM analysis of conformational space of the DNA sugar-phosphate backbone. MD analysis of structural dynamics and sequence-dependence of DNA four-way junctions. Besides substantially improving our basic knowledge about DNA structural dynamics, the project will also contribute to the development of methodology, for example by attempting to refine parameters for description of DNA backbone in the simulation force field. Tento projekt bude zaměřen na studium důležitých vlastností molekul DNA, s použitím nejmodernějších teoretických (počítačových) přístupů: pokročilých kvantově chemických (QM) výpočtů a simulací molekulové dynamiky (MD) v explicitním solventu. Studovaná problematika bude zahrnovat: detailní QM charakterizaci signatur stacking interakcí všech deseti jedinečných dvojic párů bází B-DNA, s použitím konformačního prohledávání, experimentálních geometrií a geometrií získaných se simulací, s cílem porozumět vztahu mezi  stackingem bází a lokálními konformačními variacemi v B-DNA. Tyto výpočty budou doplněny mikrosekundovými simulacemi specifických oligomerů B-DNA, jako jsou A-trakty. Projekt se dále bude zabývat predikcí intermediátů při formování čtyřřetězcových molekul DNA (G-DNA a i-DNA) s použitím simulací MD a výpočtů volné energie; kompletní QM analýzou konformačního prostoru cukr-fosfátové páteře  DNA; MD analýzou strukturní dynamiky a sekvenční závislosti four-way junctions DNA. Kromě podstatného rozšíření našich základních znalostí o strukturní dynamice DNA bude projekt zahrnovat i vývoj metodiky, například vylepšení parametrů pro popis páteře DNA v empirických silových polích.
dcterms:title
Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies. Struktura a dynamika DNA. Pokročilé počítačové studie.
skos:notation
GAP208/11/1822
n3:aktivita
n4:GA
n3:celkovaStatniPodpora
n10:celkovaStatniPodpora
n3:celkoveNaklady
n10:celkoveNaklady
n3:datumDodatniDoRIV
2015-04-23+02:00
n3:druhSouteze
n5:VS
n3:duvernostUdaju
n12:S
n3:fazeProjektu
n18:100784807
n3:hlavniObor
n14:CF
n3:kategorie
n11:ZV
n3:klicovaSlova
DNA structure and function molecular dynamics quantum chemistry base pairs
n3:partnetrHlavni
n7:ico%3A68081707
n3:pocetKoordinujicichPrijemcu
0
n3:pocetPrijemcu
1
n3:pocetSpoluPrijemcu
0
n3:pocetVysledkuRIV
26
n3:pocetZverejnenychVysledkuVRIV
26
n3:posledniUvolneniVMinulemRoce
2014-03-31+02:00
n3:prideleniPodpory
n15:P208-11-1822
n3:sberDatUcastniciPoslednihoRoku
n20:2015
n3:sberDatUdajeProjZameru
n20:2015
n3:soutez
n9:SGA02011GA-ST
n3:statusZobrazovaneFaze
n19:DRRVK
n3:typPojektu
n16:P
n3:ukonceniReseni
2015-12-31+01:00
n3:vedlejsiObor
n14:CE n14:BO
n3:zahajeniReseni
2011-01-01+01:00
n3:zivotniCyklusProjektu
n17:ZBBBK