This HTML5 document contains 42 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n11http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/zivotniCyklusProjektu/
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/typPojektu/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/druhSouteze/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n9http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/hodnoceniProjektu/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n22http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/
n12http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/subjekt/
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n7http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/kategorie/
n19http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/duvernostUdaju/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
rdfshttp://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
n8http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/obor/
n15http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/fazeProjektu/
n6http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP202%2F10%2F1435/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/soutez/
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/statusZobrazovaneFaze/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/
n16http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/aktivita/
n13http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:GAP202%2F10%2F1435
rdf:type
n14:Projekt
rdfs:seeAlso
http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP202/10/1435
dcterms:description
In the project, new analytic methods for biochemical research of proteins will be developed and tested. The geometrical properties of dynamic protein models will be explored to find and asses the channels connecting an active site inside protein with its surface. The properties, such as surface, volume and length will be statistically evaluated for  large sets of protein snapshots obtained from simulation of its dynamics. The results will be visualized in such a way that would provide new information to biochemists. The methods will also focus on an interaction of  small molecules (ligants) passing through a prospective channel, both in time and space, and on a proposal how to modify the protein to increase the quality of the channel. The methods will be included in a software tool CAVER (developed at Masaryk University), which is currently being used by biochemists all around the world. This project is a follow-up of current project Visualization of protein structures (y.2007-2009). V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro biochemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod., budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Úkolem další metody bude navrhnout, jak modifikovat protein, aby došlo ke zkvalitnění tunelu. Metody budou začleněny do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.
dcterms:title
Analýza a vizualizace proteinových struktur Analysis and Visualization of Protein Structures
skos:notation
GAP202/10/1435
n3:aktivita
n16:GA
n3:celkovaStatniPodpora
n6:celkovaStatniPodpora
n3:celkoveNaklady
n6:celkoveNaklady
n3:datumDodatniDoRIV
2014-01-30+01:00
n3:druhSouteze
n5:VS
n3:duvernostUdaju
n19:S
n3:fazeProjektu
n15:92545002
n3:hlavniObor
n8:IN
n3:hodnoceniProjektu
n9:U
n3:kategorie
n7:ZV
n3:klicovaSlova
visualization; virtual; reality; protein; molecular; dynamics
n3:partnetrHlavni
n12:orjk%3A14330
n3:pocetKoordinujicichPrijemcu
0
n3:pocetPrijemcu
1
n3:pocetSpoluPrijemcu
1
n3:pocetVysledkuRIV
28
n3:pocetZverejnenychVysledkuVRIV
28
n3:posledniUvolneniVMinulemRoce
2012-03-30+02:00
n3:prideleniPodpory
n22:P202%2F10%2F1435
n3:sberDatUcastniciPoslednihoRoku
n13:2012
n3:sberDatUdajeProjZameru
n13:2013
n3:soutez
n4:SGA02010GA-ST
n3:statusZobrazovaneFaze
n17:DUU
n3:typPojektu
n18:P
n3:ukonceniReseni
2012-12-31+01:00
n3:vedlejsiObor
n8:CE
n3:zahajeniReseni
2010-01-01+01:00
n3:zhodnoceni+vysledku+projektu+dodavatelem
SW system CAVER was improved within the project. New methods for channel detection in proteins were developed. The project resulted in improved system CAVER, 9 conference papers, and 5 impacted journal papers. V rámci projektu byl vylepšen systém CAVER. Byly vyvinuty nové metody pro detekci tunelů v proteinech. Tyto metody byly otestovány v reálné aplikaci modelování proteinů. Výsledkem projektu je i 9 konferenčních článků a 5 impaktovaných časopiseckých publikací.
n3:zivotniCyklusProjektu
n11:ZBKU
n3:klicoveSlovo
molecular protein visualization virtual reality