This HTML5 document contains 51 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n13http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/typPojektu/
n15http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/druhSouteze/
n5http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/zivotniCyklusProjektu/
n20http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/hodnoceniProjektu/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n11http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/subjekt/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/
n21http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/kategorie/
n12http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n8http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/duvernostUdaju/
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
rdfshttp://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
n7http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/obor/
n6http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/fazeProjektu/
n18http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/soutez/
n10http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/statusZobrazovaneFaze/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n17http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA203%2F09%2F1476/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/
n16http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/
n14http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/aktivita/

Statements

Subject Item
n2:GA203%2F09%2F1476
rdf:type
n12:Projekt
rdfs:seeAlso
http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA203/09/1476
dcterms:description
Studium základních principů, jak molekulové interakce ovlivňují folding a funkci velkých molekul RNA, jako je ribosom, s použítím nejmodernějších metod počítačové chemie (počítačových simulací s explicitním zahrnutím solventu a kvantové chemie) a bioinformatiky, v úzké spolupráci s experimentálními laboratořemi. Projekt je zaměřen na energetiku molekulových interakcí a stochastické pohyby základních stavebních modulů RNA. Jak energetika, tak stochastické pohyby jsou mimořádně důležité vlastnosti, které ale lze jen velmi omezeně charakterizovat dostupnými experimentálními metodami. Studovány budou zejména autonomní RNA moduly střední velikosti, tzv. RNA motivy. Cíle jsou mj. lépe pochopit pravidla, jimiž se řídí kovariace bází v sekvencích RNA, vysvětlit, proč některé isosterické substituce nejsou během evoluce téměř nikdy realizovány a proč někdy dochází k záměnám funkčních motivů v homologních molekulách RNA. Dále klasifikovat vertikální interakce bází v RNA se zahrnutím energií, katalogizovat strukturně-dynamické vlastnosti RNA motivů a zpřesnit 2D predikce interních RNA smyček. Study of the basic principles how molecular interactions influence folding and function of large RNAs, such as the ribosome. The research will be conducted using state of the art computational (explicit solvent simulations and quantum chemistry) and bioinformatics methods, in a close cooperation with experimental laboratories. It aims primarily at analysis of energies of molecular interactions and description of stochastic flexibilities of basic RNA building blocks. Both features are crucial for function of RNAs but are very difficult to assess by experiments. The research will mainly be directed to key medium-sized autonomous RNA building blocks, with the aim to rationalize covariation principles in RNA sequences, explain lack of certain isosteric substitutions during evolution, analyze motif swaps in homologous RNAs, classify RNA base stacking patterns with inclusion of the stacking energies, catalogue structural dynamics of RNA motifs and improve 2D predictions of internal RNA loops.  
dcterms:title
Structural dynamics, molecular interactions and function of key RNA motifs Strukturní dynamika, molekulové interakce a funkce klíčových motivů RNA
skos:notation
GA203/09/1476
n3:aktivita
n14:GA
n3:celkovaStatniPodpora
n17:celkovaStatniPodpora
n3:celkoveNaklady
n17:celkoveNaklady
n3:datumDodatniDoRIV
2014-01-30+01:00
n3:druhSouteze
n15:VS
n3:duvernostUdaju
n8:S
n3:fazeProjektu
n6:92538715
n3:hlavniObor
n7:CF
n3:hodnoceniProjektu
n20:V
n3:kategorie
n21:ZV
n3:klicovaSlova
structure; and; function; of; RNA; molecular; dynamics; quantum; chemistry; bioinformatics; ribosome; base; pairs; RNA; motifs
n3:partnetrHlavni
n11:ico%3A68081707
n3:pocetKoordinujicichPrijemcu
0
n3:pocetPrijemcu
1
n3:pocetSpoluPrijemcu
0
n3:pocetVysledkuRIV
39
n3:pocetZverejnenychVysledkuVRIV
39
n3:posledniUvolneniVMinulemRoce
2012-03-30+02:00
n3:prideleniPodpory
n4:203%2F09%2F1476
n3:sberDatUcastniciPoslednihoRoku
n16:2012
n3:sberDatUdajeProjZameru
n16:2013
n3:soutez
n18:SGA02009GA-ST
n3:statusZobrazovaneFaze
n10:DUU
n3:typPojektu
n13:P
n3:ukonceniReseni
2012-12-31+01:00
n3:vedlejsiObor
n7:CE n7:EB
n3:zahajeniReseni
2009-01-01+01:00
n3:zhodnoceni+vysledku+projektu+dodavatelem
Dle hlavního cíle projektu, řešitelský tým významně přispěl k prohloubení znalostí o RNA, fyzikální chemii molekulových interakcí modulárních částí RNA i o způsobech začlenění RNA do větších celků.Projekt byl vyřešen na vynikající úrovni. Dokladem je i 49 publikací v impaktovaných časopisech. According to the main goal of the project, the work significantly contributed to an improvement of the knowledge of RNA modular building blocks, the physical chemistry of their molecular interactions, and their inclusion in larger RNA systems.The project was extremely successful. This is also documented by 49 publications in impacted journals.
n3:zivotniCyklusProjektu
n5:ZBBKU
n3:klicoveSlovo
of structure chemistry pairs and quantum ribosome function bioinformatics dynamics molecular base RNA