This HTML5 document contains 36 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n14http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/druhSouteze/
n20http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/typPojektu/
n12http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/zivotniCyklusProjektu/
n13http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/7AMB15AT029/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/
n21http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/
n5http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/subjekt/
n18http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/kategorie/
n15http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n17http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/duvernostUdaju/
rdfshttp://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
skoshttp://www.w3.org/2004/02/skos/core#
n19http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/fazeProjektu/
n7http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/obor/
n9http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/statusZobrazovaneFaze/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n4http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/cep/
n11http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/vyzva/
n16http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/aktivita/
n8http://reference.data.gov.uk/id/gregorian-year/

Statements

Subject Item
n2:7AMB15AT029
rdf:type
n15:Projekt
rdfs:seeAlso
http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=7AMB15AT029
dcterms:description
1. Metoda fitování třetího stupně s jednokrokovou pertubací bude rozšířena tak, aby se mohla běžně používat k výpočtu referenčních stavů všech aminokyselin, což značně zjednoduší výpočetní studium proteinových mutací. Metoda bude testována na interakcích mezi 14-3-3 proteiny a různými fosforylovanými peptidy, konkrétně pak při studiu závislosti lokálních změn v aminokyselinové sekvenci na afinitě peptidů k proteinu. 2. Metoda H-REMD s využitím různých parametrů, tzv. distance field restraints, bude dále vyvíjena za účelem přesného popisu protein-peptidových a protein-proteinových interakcí. Velikost a flexibilita vazebného ligandu zvyšuje míru vzorkování, které je nutné pro popis systému. Našim cílem tedy bude zlepšení popisu reakční koordináty. Tyto nové metody budou aplikovány na kooperační vazbu fosforylovaných peptidů ke 14-3-3 proteinu. 1. The third-power fitting with one-step perturbation approach will be extended to define universal reference states for all amino acids, to facilitate a computational saturation mutagenesis experiments. Its applicability will be shown at the hand of the interaction between the 14-3-3 protein and various phosphorylated peptides, studying the effect of local changes in the sequence on the affinity of the peptides for the protein. 2. H-REMD using distancefield restraints will be further developed to allow for an accurate description of protein-peptide and protein-protein interactions. The size and flexibility of a ligand will increase the amount of sampling that is required and will need improvements in the description of the reaction coordinate. These new methodologies will be applied to the (cooperative) binding of phosphorylated peptides to the 14-3-3 protein.
dcterms:title
Protein-protein interactions from molecular simulations Studium protein-proteinových interakcí pomocí molekulárních simulací
skos:notation
7AMB15AT029
n4:aktivita
n16:7A
n4:celkovaStatniPodpora
n13:celkovaStatniPodpora
n4:celkoveNaklady
n13:celkoveNaklady
n4:datumDodatniDoRIV
2015-05-28+02:00
n4:druhSouteze
n14:RP
n4:duvernostUdaju
n17:S
n4:fazeProjektu
n19:101025075
n4:hlavniObor
n7:CF
n4:kategorie
n18:ZV
n4:klicovaSlova
REMD, free energy, 14-3-3
n4:partnetrHlavni
n5:orjk%3A14740
n4:pocetKoordinujicichPrijemcu
0
n4:pocetPrijemcu
1
n4:pocetSpoluPrijemcu
0
n4:pocetVysledkuRIV
0
n4:pocetZverejnenychVysledkuVRIV
0
n4:prideleniPodpory
n21:MSMT-1462%2F2015-1
n4:sberDatUcastniciPoslednihoRoku
n8:2015
n4:sberDatUdajeProjZameru
n8:2015
n4:statusZobrazovaneFaze
n9:DRRVZ
n4:typPojektu
n20:P
n4:ukonceniReseni
2016-12-31+01:00
n4:vedlejsiObor
n7:CE n7:BO
n4:zahajeniReseni
2015-01-01+01:00
n4:zivotniCyklusProjektu
n12:Z
n4:vyzva
n11:FP6-2004-Mobility-10
n4:klicoveSlovo
free energy REMD