This HTML5 document contains 24 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n12http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/
n10http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/projekt/MSM/
n9http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/
n4http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n11http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/
n5http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/
n13http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/MSMT-9339/
n8http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n7http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/
n6http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#

Statements

Subject Item
n2:LD13046
rdf:type
n4:Projekt
dcterms:description
The aim of the project is to evaluate diversity of soil microbial community in different ecosystems influenced by human activity (intesive agriculture associated with organic manuring and drying, bare soils after receding of glaciers) with help pf 454 pyrosequencing. The protocols and workflow will be developed, standartized and adopted for amplicon and shot-gun sequencing projects as well as bioinformatics tools for sequence data analysis and annotation in frame of cooperation with abroad partners. Our main tasks will be: a) develop RNA extraction method from soil, deep subsurface horizons of soil, manured soils and perform metatrascriptome studies of active microbial communities in situ or in soil microcosms, and b) to develop tools and methods for soil derived plasmid DNA sequencing and annotation. Our effort will be invested into the support of students and the practical usage of metagenomic and metatranscriptomic tools by researcher and students in our laboratories as well as development of sustainable cooperation in this topic. Cílem projektu je zhodnotit diverzitu půdního mikrobiálního společenstva v rozličných ekosystémech ovlivněných lidskou činností (intenzivní zemědělství související s organickým hnojením a vysušováním, odledňování související s oteplováním klimatu) pomocí 454 pyroskevenování. Budou vyvinuty a standardizovány pracovní postupy pro amplikonové i shotgunové sekvenování, tak jako i bioinformatické nástroje zpracování a anotace sekvencí, ve spolupráci se zahraničními partnery. Našimi hlavními cíli budou a) vyvinout metodu extrakce RNA pro půdy a hluboké vrstvy půd a také pro hnojené půdy a provádět metatraskriptomové studie aktivních mikrobiálních společenstev in situ nebo v půdních mikrokosmech, dále b) vyvinout nástroje pro sekvenování a anotaci plazmidů získaných z půd. Naše úsilí bude věnováno také do podpory a povzbuzení k využívání metagenomiky a metatraskriptomiky výzkumnými pracovníky a studenty v našich laboratořích a vyvíjet udržitelnou spolupráci v této oblasti výzkumu.
dcterms:title
Využití přístupů metagenomiky a metatraskriptomiky k charakterizaci mikrobiální diverzity člověkem ovlivněných půd Application of metagenomics and metatranscriptomics for evaluation of microbial diversity of human impacted soils
n4:cislo-smlouvy
n13:2013-311
n4:druh-souteze
n5:VS
n4:faze
n8:54636827
n4:hlavni-obor
n11:EH
n4:id-aktivity
n9:LD
n4:id-souteze
n10:SMSM2013LD3
n4:kategorie
n12:1
n4:klicova-slova
microbial communities; human impacted soil; diversity; next gen sequencing
n4:konec-reseni
2015-10-31+01:00
n4:pocet-koordinujicich-prijemcu
0
n4:poskytovatel
n6:MSM
n4:start-reseni
2013-03-21+01:00
n4:statni-podpora
1442
n4:typProjektu
n7:P
n4:uznane-naklady
1442
n4:pocet-prijemcu
1
n4:pocet-spoluprijemcu
0
n4:pocet-vysledku
0
n4:pocet-vysledku-zverejnovanych
0