This HTML5 document contains 26 embedded RDF statements represented using HTML+Microdata notation.

The embedded RDF content will be recognized by any processor of HTML5 Microdata.

Namespace Prefixes

PrefixIRI
n13http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/
n8http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/
dctermshttp://purl.org/dc/terms/
n7http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/
n3http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/
n12http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/
n10http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/
n11http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/
rdfhttp://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
n9http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/
n4http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/
xsdhhttp://www.w3.org/2001/XMLSchema#
n2http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/projekt/AV0/
n5http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/

Statements

Subject Item
n2:IAA400040802
rdf:type
n3:Projekt
dcterms:description
The evolution of living world requires efficient and accurate biochemical catalysts. Although most today's enzymes are proteins, many key reactions are catalyzed by catalytic RNAs -ribozymes. The project is focused on three best crystallographically and biochemically characterized small catalytic RNAs, the hammerhead, hairpin and hepatitis delta virus ribozymes. They catalyze site-specific cleavage of their phosphodiester backbone through a transesterification mechanism. The main aims are comprehensive structural, dynamic and thermodynamic description of the ribozymes, and the ultimate goal is to elucidate their catalytic mechanism, which remains entirely elusive despite years of intense research. To obtain panoramic insight into the RNA catalysis, we will apply state-of-the-art computational approaches, predominantly based on explicit solvent biomolecular simulations combined with recently introduced quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methods. Ve vývoji živých organismů hrají velmi důležitou roli účinné a přesně fungující katalyzátory. Ačkoliv většina dnešních enzymů jsou proteiny, mnoho klíčových reakcí je katalyzováno katalytickou RNA – ribozymy. Tento projekt je zaměřen na studium tří krystalograficky a biochemicky nejlépe charakterizovaných malých katalytických ribozymů - Hammerhead, Hairpin a Hepatitis delta virus. Tyto ribozymy katalyzují štěpení vlastní fosfodiesterové páteře na specifickém místě pomocí transesterifikačního mechanismu. Záměrem projektu je komplexní popis struktury, dynamiky a termodynamiky ribozymů, hlavním cílem je přispět k objasnění katalytického mechanismu, který i přes intenzivní výzkum zůstává nevysvětlen. K získání uceleného pohledu na problematiku RNA katalýzy použijeme nejmodernější počítačové přístupy, převážně založené na biomolekulárních simulacích v explicitním solventu, kombinované s nejnovějšími kvantově-mechanickými molekulově-mechanickými (QM/MM) metodami.
dcterms:title
Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA
n3:cislo-smlouvy
n5:IAA400040802
n3:dalsi-vedlejsi-obor
n12:EB
n3:druh-souteze
n10:VS
n3:faze
n11:54083276
n3:hlavni-obor
n12:CE
n3:vedlejsi-obor
n12:BO
n3:id-aktivity
n7:IA
n3:id-souteze
n13:SAV02008-A
n3:kategorie
n8:1
n3:klicova-slova
RNA; biochemistry; enzymatic catalysis; ribozyme; molekular modelling; quantum chemistry; molecular dynamics
n3:konec-reseni
2011-12-31+01:00
n3:pocet-koordinujicich-prijemcu
1
n3:poskytovatel
n4:AV0
n3:start-reseni
2008-01-01+01:00
n3:statni-podpora
4415
n3:typProjektu
n9:P
n3:uznane-naklady
4415
n3:pocet-prijemcu
3
n3:pocet-spoluprijemcu
0
n3:pocet-vysledku
47
n3:pocet-vysledku-zverejnovanych
47