Přecilivělost na sulfonamidy, trimethoprim nebo pomocné látky přípravku. Těžké poškození jater. Megaloblastická anémie vyvolaná deficitem kyseliny listové. Těhotenství a období kojení. Kotrimoxazol se nesmí podávat dětem mladším než 2 měsíce (riziko jádrového ikteru).
(cs)