About: PhylogenTree Analyzer

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: PhylogenTree Analyzer Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
rdfs:seeAlso	http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty
Description	Software with a user interface allow to plot and analyze phylogenetic tree based on biological sequences in FASTA file with adjustable parameters (statistical method, distance model, scoring matrix, number of replications, number of active sequences). All phylogenetic trees and analyzes based upon them are constructed using the neighbor-joining method. Used statistical methods are Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test. (en) Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test. Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test. (cs)
Title	PhylogenTree Analyzer PhylogenTree Analyzer (en) PhylogenTree Analyzer (cs)
skos:prefLabel	PhylogenTree Analyzer PhylogenTree Analyzer (en) PhylogenTree Analyzer (cs)
skos:notation	RIV/00216305:26220/14:PR27862!RIV15-GA0-26220___
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(GAP102/11/1068)
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2015
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Vadják, Šimon Koščová, Pavlína Sedlář, Karel Provazník, Ivo
http://linked.open.../riv/druhVysledku	R - Software
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...onomickeParametry	50 000 Kč
http://linked.open...titaPredkladatele	Vysoké učení technické v Brně / Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
http://linked.open...dnocenehoVysledku	36543
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/00216305:26220/14:PR27862
http://linked.open...terniIdentifikace	PhylogenTree Analyzer
http://linked.open...riv/jazykVysledku	cze - čeština
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	phylogenetic tree, substitution matrix, scoring matrix, distance matrix, evolutionary model, Neighbor-Joining, Bootstrapping, Jackknifing, PTP test, Permutation Tail Probability, OTU jackknifing, resampling tests (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	Jackknifing OTU jackknifing PTP test Permutation Tail Probability evolutionary model resampling tests scoring matrix Neighbor-Joining substitution matrix distance matrix phylogenetic tree Bootstrapping
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[76BF3EB24A3A]
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	EB
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	4 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	5 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Nano-Electro-Bio-Tools for Biochemical and Molecularly-Biological Studies of Eukaryotic Cells (NanoBioTECell)
http://linked.open...UplatneniVysledku	2014
http://linked.open...echnickeParametry	Software byl realizován jako výsledek projektu GAČr Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell). Produkt je využíván na VUT v Brně a na Mendelově univerzitě, Ústav chemie a biochemie. Pro spuštění programu je zapotřebí MATLAB 2012b nebo novější verze. Software je volně stažitelný na adrese http://www.dbme.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty.
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Provazník, Ivo Sedlář, Karel Škutková, Helena Koščová, Pavlína Vadják, Šimon
http://linked.open...avai/riv/vlastnik	Ústav biomedicínského inženýrství
http://linked.open...itiJinymSubjektem	N - Nabytí licence není nutné (výsledek není licencován)
http://localhost/t...ganizacniJednotka	26220

Faceted Search & Find service v1.16.116 as of Feb 22 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3239 as of Feb 22 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 67 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software