About: Detection of garlic viruses using SYBR Green Real-Time RT PCR

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Detection of garlic viruses using SYBR Green Real-Time RT PCR Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
Description	SYBR Green real-time RT PCR assay was developed and optimised for the detection of Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) and Mite-borne filamentous virus (MbFV). The assay was tested on 50 genotypes of garlic (Allium sativum L.) which originated from different countries and on 24 garlic genotypes after a process of viruses remove. The efficiencies of all reactions were 97 %, 93 %, 99 %, 98 % and 87 % for OYDV, LYSV, SLV, GCLV and MbFV standards respectively. The detection limit for OYDV, LYSV and GCLV was as low as 5 gene copies, for SLV it was 15 gene copies and for MbFV was 130 gene copies. In comparison to ELISA, more virus positive garlic accessions were found for LYSV and GCLV by SYBR Green-based real-time RT PCR assay. OYDV and GCLV were found the most prevalent viruses in analysed samples. (en) Pro detekci virů česneku Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Mite-borne filamentous virus (MbFV) byly navrženy primery na základě sekvencí genu pro plášťový protein a byla optimalizována metoda SYBR Green real-time RT PCR. Touto metodou byl provedeno stanovení obsahu pěti uvedených druhů virů u 50 genotypů česneku (Allium sativum L.) pocházejícího z různých zemí světa a u 24 genotypů česneku po odvirování. Účinnosti reakcí byly 97 % (OYDV), 93 % (LYSV), 99 % (SVL), 98 % (GCLV) a 87 % (MbFV). Detekční limit pro OYDV, LYSV a GCLV je 5 kopií, u SLV 15 kopií a u MbFV 130 kopií genu pro plášťový protein. Ve srovnání s ELISA byla přítomnost virů prokázána u většího procenta studovaných genotypů. Nejvíce byly vzorky napadeny virem OYDV a GCLV. Pro detekci virů česneku Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Mite-borne filamentous virus (MbFV) byly navrženy primery na základě sekvencí genu pro plášťový protein a byla optimalizována metoda SYBR Green real-time RT PCR. Touto metodou byl provedeno stanovení obsahu pěti uvedených druhů virů u 50 genotypů česneku (Allium sativum L.) pocházejícího z různých zemí světa a u 24 genotypů česneku po odvirování. Účinnosti reakcí byly 97 % (OYDV), 93 % (LYSV), 99 % (SVL), 98 % (GCLV) a 87 % (MbFV). Detekční limit pro OYDV, LYSV a GCLV je 5 kopií, u SLV 15 kopií a u MbFV 130 kopií genu pro plášťový protein. Ve srovnání s ELISA byla přítomnost virů prokázána u většího procenta studovaných genotypů. Nejvíce byly vzorky napadeny virem OYDV a GCLV. (cs)
Title	Detection of garlic viruses using SYBR Green Real-Time RT PCR (en) Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR (cs)
skos:prefLabel	Detection of garlic viruses using SYBR Green Real-Time RT PCR (en) Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR (cs)
skos:notation	RIV/00027006:_____/12:00002215!RIV13-MZE-00027006
http://linked.open...avai/predkladatel	Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P Z
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(QH71228), Z(MZE0002700604)
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2013
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Smékalová, Kateřina Leišová-Svobodová, Leona
http://linked.open.../riv/druhVysledku	D - Článek ve sborníku
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...titaPredkladatele	Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
http://linked.open...dnocenehoVysledku	130508
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/00027006:_____/12:00002215
http://linked.open...riv/jazykVysledku	cze - čeština
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	OYDV; LYSV; GCLV; SLV; MbFV (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	GCLV LYSV MbFV OYDV SLV
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[7BA38E5A3253]
http://linked.open...v/mistoKonaniAkce	Regionální centrum Olomouc
http://linked.open...i/riv/mistoVydani	Praha
http://linked.open...i/riv/nazevZdroje	Česnek ve 21. století
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	GF
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	2 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Optimalization of recovery methods and in vitro propagation for purpose of long-time preservation by cryoconservation of national garlic genotypes
http://linked.open...UplatneniVysledku	2012
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Leišová-Svobodová, Leona Smékalová, Kateřina
http://linked.open...vavai/riv/typAkce	CST - Celostátní
http://linked.open.../riv/zahajeniAkce	2012-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer	Udržitelné systémy pěstování zemědělských plodin pro produkci kvalitních a bezpečných potravin, krmiv a surovin
number of pages	8 (xsd:int)
http://purl.org/ne...btex#hasPublisher	Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
https://schema.org/isbn	978-80-7427-102-1
is http://linked.open...avai/riv/vysledek of	Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 112 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software