The goal of the project is to create and validate statistical, relational-logic and combined classification models for the prediction of interaction of proteins (mainly zinc-fingers) with DNA, and thus enable to improve the outcomes of gene therapy and bone marrow transplantation. (en)
Cílem projektu je vytvořit a otestovat statistické, relačně-logické a kombinované formální klasifikační modely pro predikci interakce proteinů (zejm. zinkově-prstových) s DNA a tím umožnit zvýšení úspěšnosti genové terapie a transplantace kostní dřeně.
We devised novel algorithms that learn to predict interactions of proteins and DNA. The algorithms based on hybrid strategies of relational machine learning accept structural descriptions of the proteins as inputs and predict if and where the interaction with DNA occurs. In the experiments we achieved predictive accuracies higher than the state of the art classifiers using structural information. (en)
Vyvinuli jsme nové algoritmy, které se učí predikovat interakci proteinů a DNA. Tyto algoritmy založené na hybridních strategiích relačního strojového učení přijímají strukturní popisy proteinů jako své vstupy a predikují, zda a v jakém místě dojde k interakci s DNA. V experimentech jsme dosáhli prediktivních přesností překonávající klasifikátory state-of-the-art pracující se strukturní informací. (cs)