About: Systematic mapping of the conformational space of short peptides through molecular dynamics simulation - a way to understanding of protein structure formation.

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Systematic mapping of the conformational space of short peptides through molecular dynamics simulation - a way to understanding of protein structure formation. Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=LH11020
Description	The aim of the project lies in systematic computational study (molecular dynamics) and consequent structural analysis of short peptides X-Y, X-Y-X and X-X-Y-X-X where X and Y means one of 20 L-amino acids composing proteins. The calculations will be based on the knowledge of the accurate ab initio potential energy surface in phi/psi torsional coordinates of an amino acid in sequence context. This should serve as the reference for two dimensional fit of the potential energy surface obtained by an empirical potential method. The parameters of the fit will be integrated into torsional term in the empirical force field functional form and free energy surfaces of peptides in water by means of molecular dynamics will be calculated. The results should serve as a reference for comparison with analysis made on corresponding peptides extracted from protein data bank. Statistical occurrences and minima position will be compared and analyzed. (en) Cílem projektu je aplikace přesných výpočtů pomocí pokročilých metod kvantové chemie do empirických potenciálů používaných k popisu dynamického chování biomolekul, v našem případě peptidů a proteinů. Původnost a unikátnost projektu je v tom, že s přesným popisem plochy potenciální energie aminokyseliny v jejím strukturním kontextu se mění následně i dynamické chování molekuly a to směrem k podstatně lepší shodě s experimentálními výsledky získanými metodami NMR nebo infračervenou spektroskopií. To má zásadní význam pro studium jak proteinů majících strukturu tak především pro studium peptidů a proteinů existujících jako nestrukturované. Jedním z výstupů je molekulární design peptidů pro supramolekulární kompozice. 1. rok proběhnou výpočty na vybrané sadě peptidů a korekce pro empirický potenciál se aplikuje do potenciálu. 2. rok se tato korekce otestuje na sérii peptidů a porovná s klasickými potenciály a experimentem. Fáze výpočtů se 3.rok bude překrývat s intenzivními MD simulacemi a designem.
Title	Systematic mapping of the conformational space of short peptides through molecular dynamics simulation - a way to understanding of protein structure formation. (en) Systematické mapování konformačního prostoru krátkých peptidů pomocí výpočetních metod - cesta k porozumění struktury proteinů a jejich sbalování.
skos:notation	LH11020
http://linked.open...avai/cep/aktivita	KONTAKT II
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LH11020/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LH11020/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-02-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100399644
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	molecular dynamics; ab initio methods; Potential energy surface (PES); conformation space; empirical potentials; peptides; proteins; structural database; peptide design (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	10 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	10 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2013-03-06 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/MSMT-6784%2F2013-311
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2014
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2014
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SMSM2011LH1
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2014-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika CE - Biochemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2011-03-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBK
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	molecular dynamics peptides proteins Potential energy surface (PES) ab initio methods conformation space empirical potentials structural database
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Parametrization of 2,2,2-Trifluoroethanol Based on the Generalized Amber Force Field Provides Realistic Agreement between Experimental and Calculated Properties of Pure Liquid as Well as Water-Mixed Solutions Towards a better understanding of the specificity of protein-protein interaction A systematic method for analysing the protein hydration structure of T4 lysozyme Critical Assessment of Current Force Fields. Short Peptide Test Case Like-Charge Guanidinium Pairing from Molecular Dynamics and Ab Initio Calculations The DF-LCCSD(T0) correction of the .fi./.psi. force field dihedral parameters significantly influences the free energy profile of the alanine dipeptide On InChI and evaluating the quality of cross-reference links Optimal Definition of Inter-Residual Contact in Globular Proteins Based on Pairwise Interaction Energy Calculations, Its Robustness, and Applications Retro operation on the Trp-cage miniprotein sequence produces an unstructured molecule capable of folding similar to the original only upon 2,2,2-trifluoroethanol addition How to fragment a polypeptide? An ab initio computational study of pair interactions between amino acida and ligand-amino acids in proteins
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH11020/2011/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH11020/2012/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH11020/2013/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH11020/2014/ico%3A61388963

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 48 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software