About: Analysis of environmental metagenomes using next-generation-sequencing and development of data analysis procedures

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Analysis of environmental metagenomes using next-generation-sequencing and development of data analysis procedures Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=LD12050
Description	While most of the current research in next-generation-sequencing relates to medical sciences and experimental biology, this area has recently completely redesigned the methodology of environmental microbiology. The main goal of the project will be the development of novel approaches to the acquisition and evaluation of data derived from next-generation-sequencing of environmental samples, i.e. the metagenomes and metatranscriptomes of environmental populations of prokaryotes and eukaryotes. Special attention will be paid to (1) evaluation, selection and testing of most suitable approaches to analyze fungal and bacterial communities in environmental samples and (2) the comparison of community analysis results obtained by shotgun metagenomics, amplicon sequencing and other approaches (qPCR, biomarker analysis). In addition, bioinformatic tools for easy operations with metagenomics-derived data will be also developed that will allow for safe storage, filtering and quality control of sequence information (en) Hlavním cílem projektu je vývoj a aplikace nových metodik pro analýzu mikrobiálních populací na základě sekvenace environmentální DNA metodami next-generation-sequencing, tj. pro popis a analýzu metagenomů populací prokaryot a eukaryot. Specifickými cíli projektu je (1) testování a výběr nejvhodnějších postupů pro analýzu složení populací bakterií a hub v environmentálních vzorcích, (2) porovnání výsledků analýzy mikrobialních společenstev postupy amplikonové sekvenace, shotgun analýzy metagenomické DNA a dalších přístupů (qPCR, analýza biomarkerů ad.) a (3) vývoj bioinformatických prostředků pro snadnou manipulaci se sekvenčními daty velkého rozsahu, získanými při analýze environmentálních metagenomů, které umožní bezpečné uchovávání, kontrolu kvality a selektivní vyhledávání v rámci získaných dat.
Title	Analysis of environmental metagenomes using next-generation-sequencing and development of data analysis procedures (en) Analýza environmentálních metagenomů metodami next-generation-sequencing a vývoj postupů pro analýzu dat
skos:notation	LD12050
http://linked.open...avai/cep/aktivita	COST CZ
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LD12050/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LD12050/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-29 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	101027475
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EH - Ekologie - společenstva
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	ecology next-generation-sequencing bioinformatics metagenomics environmental microbiology (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-03 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/MSMT-7027%2F2012-36
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SMSM2012LD2
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-06-30 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-03-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBK
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	SEED 1.1.35 Analysis of soil fungal communities by amplicon pyrosequencing: current approaches to data analysis and the introduction of the pipeline SEED The Variability of the 16S rRNA Gene in Bacterial Genomes and Its Consequences for Bacterial Community Analyses Estimation of fungal biomass in forest litter and soil Fungal community on decomposing leaf litter undergoes rapid successional changes When the forest dies: the response of forest soil fungi to a bark beetle-induced tree dieback Microbial genomics, transcriptomics and proteomics: new discoveries in microbial decomposition research using complementary methods
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12050/2012/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12050/2013/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12050/2014/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12050/2015/ico%3A61388971

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 112 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software