About: Study of Interactions in Complexes of HIV-1 protease with Inhibitors

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Study of Interactions in Complexes of HIV-1 protease with Inhibitors Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=KJB4050312
Description	The topic of this project is a study of interactions in HIV-1 protease-inhibitor complexes. The project follows up the previous grant of the AS CR A4050811 (1998-2001) aimed on the experimental determination of structure of HIV-1 protease complexes. Experimental material gained during this project represent significant part of the up to date knowledge about these systems and deserves more careful inspection from the point of view energetics. Several HIV protease complexes sill be solved in the frame of this new project, that will be used for elucidation of role of weak hydrogen bonds observed in these systems. The interaction energy between protease and inhibitor will be analysed in details using molecular modelling. Detailed analysis of accuracy of the used methods will be done. Especially, thequality of description of weak hydrogen bonds by empirical potential based molecular modelling will be analysed. (en) Náplní projektu je studium interakcí v komplexech HIV-1 proteázy s inhibitory. Projekt svou tématikou navazuje na již dříve dosažené výsledky, kdy na našem pracovišti bylo v rámci grantu AV ČR A4050811 (1998-2001) pomocí rentgenové strukturní analýzy vyřešeno několik struktur inhibovaných HIV proteáz. Experimentální materiál o struktuře získaný během tohoto projektu představuje významnou část současných znalostí o struktuře těchto systémů a zaslouží proto hlubší analýzu z hlediska energetiky pozorovaných intermolekulárních interakcí. V rámci tohoto projektu budou vyřešeny další struktury HIV-1 proteázy s inhibitory, které budou použity pro objasnění role slabých vodíkových vazeb pozorovaných v těchto systémech. Interakční energie mezi proteázou a inhibitory bude detailně analyzována pomocí molekulárního modelování. Práci bude předcházet důkladný rozbor přesnosti užitých metod, zejména popisu slabých vodíkových vazeb pomocí molekulárního modelování.
Title	Study of Interactions in Complexes of HIV-1 protease with Inhibitors (en) Studium interakcí v komplexech HIV-1 proteázy s inhibitory
skos:notation	KJB4050312
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The research grant projects for juniors
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB4050312/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB4050312/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2014-02-12 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	33614427
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	HIV-1 protease; inhibitor; molecular modeling; X-ray diffraction; structure analysis; protein-ligand interaction (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	6 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	6 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2005
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2003
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2006
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02003-XJ
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Pomocí rentgenové difrakce bylo vyřešeno několik struktur HIV-1 proteázy v komplexech s jejími inhibitory. Pomocí molekulárního modelování byl posouzen význam konformačních změn a vazebných energií při interakci proteáza - inhibitor. (cs) Using X-ray diffraction analysis, several structures of HIV-1 protease in complexes with its inhibitors were solved. Using molecular modelling, importance of conformational changes and binding energies was assessed. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	X-ray diffraction inhibitor molecular modeling structure analysis HIV-1 protease
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	On the role of the R configuration of the reaction-intermediate isostere in HIV-1 protease-inhibitor binding: X-ray structure at 2.0 angstrom resolution HIV-1 protease mutations and inhibitor modifications monitored on a series of complexes. Structural basis for the effect of the A71V mutation on the active site Computer simulations of real molecular systems Drug design based on x-ray diffraction and steered molecular dynamics An ethylenamine inhibitor binds tightly to both wild type and mutant HIV-1 proteases. Structure and energy study. Role of hydroxyl group and R/S configuration of isostere in binding properties of HIV-1 protease inhibitors
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB4050312/2003/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB4050312/2004/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB4050312/2005/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB4050312/2006/ico%3A61389013

Faceted Search & Find service v1.16.116 as of Feb 22 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3239 as of Feb 22 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 82 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software