About: The Theory of Stability and Selectivity of Unnatural DNA Nucleobases

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: The Theory of Stability and Selectivity of Unnatural DNA Nucleobases Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=KJB400500602
Description	Unnatural nucleobases incorporated into DNA molecules are the basis of the expanded genetic alphabet, which opens the way to a variety of biotechnology applications. Using the methods of theoretical chemistry, we will study the role various structural and environmental effects play in the stabilization of oligonucleotide duplexes containing unnatural nucleobases and in the selectivity of the respective pairing schemes. We will elaborate and apply highly reliable computational protocols for the description of both the intrinsic and external influences leading to the formation of stable and selective unnatural nucleobase-containing motifs. The intrinsic and external factors will be characterized by ab initio quantum chemical methods and classical molecular dynamics, respectively. Based on computational data, the theory of significant prediction value will be developed which combines these contributions and thus enables to quantify the stability and selectivity of novel DNA skeletons. (en) Nepřirozené báze zabudované do molekul DNA tvoří základ rozšířené genetické abecedy, jež otvírá cestu k mnohým biotechnologickým aplikacím. Pomocí metod teoretické chemie prostudujeme roli různých strukturních a vnějších efektů rozhodujících pro stabilizaci dvoušroubovic DNA obsahujících nepřirozené báze a pro selektivitu vazebných schémat, jež se v nich vyskytují. Vypracujeme vysoce spolehlivé výpočetní postupy pro popis jak vnitřních, tak vnějších vlivů vedoucích k tvorbě stabilních a selektivních strukturních motivů obsahujících nepřirozené báze; tyto postupy upotřebíme během rozsáhlých výpočtů. Vnitřní vlivy budou studovány ab initio kvantově chemickými metodami, kdežto vliv okolí bude popsán pomocí klasické molekulové dynamiky s explicitním zahrnutím molekul rozpouštědla a protiiontů. Na základě vypočtených dat bude vyvinuta teorie s významnou predikční schopností, jež společně popisuje tyto vlivy a tím umožňuje kvantifikovat stabilitu a selektivitu neobvyklých fragmentů v DNA.
Title	The Theory of Stability and Selectivity of Unnatural DNA Nucleobases (en) Teorie stability a selektivity nepřirozených bází DNA
skos:notation	KJB400500602
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The research grant projects for juniors
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB400500602/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB400500602/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2013-11-05 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	69284272
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CD - Makromolekulární chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA; unnatural nucleobases; stability; selectivity; nonbonding interactions; ab initio quantum chemical methods; molecular dynamics; hydrophobic effect (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2008-02-21 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/KJB400500602
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2008
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2009
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02006-B
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2008-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2006-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	While some partial succes of the project has been reached, the results of the project have not been published adequately. (en) Přestože se povedlo dosáhnout dílčích úspěchů projektu, nebyly výsledky dosud adekvátním způsobem publikovány. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA molecular dynamics selectivity stability ab initio quantum chemical methods nonbonding interactions unnatural nucleobases
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Theoretical studies of interactions between imidazopyridopyrimidines and guanine The combined treatment of the intrinsic and external contributions to the stability of the nucleic acids containing unnatural nucleosides Base pairing motifs involving 1,8-naphthyridine: an ab initio study The UCCSD(T)/CBS description of the C2h symmetric, negatively charged dimer of SF2./sub
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400500602/2006/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400500602/2007/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400500602/2008/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400500602/2009/ico%3A61389013

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software