Jedním z nejdůležitějších nástrojů k dosažení dobré kvality mléčných výrobků je systém kontroly. Kontrola jakosti je rovněž nezbytná ve vztahu k domácímu i zahraničnímu trhu s mléčnými výrobky. Sjednocení metod kontroly s metodami užívanými v zemích EU, orientace na metody mezinárodní standardizace a zavádění nových kontrolních metod a moderní instrumentální techniky do kontrolní praxe předpokládá jejich kvalifikovaný výběr, prověření a vyhodnocení v podmínkách specializovaného analytického pracoviště.