| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:seeAlso
| |
| Description
| - Non-covalent interactions are very important for structure and dynamics of biomolecules (DNA, proteins). Between these interactions besides H-bonded and stacked interactions between the bases in nucleic acids and amino acids in proteins the environment - water molecules and ions - plays a very important role. The complexes amino acids, short peptides of nucleosides and nucleotides an their pairs with water and ions will be characterized by classical molecular dynamics, mechanics and mainly by the ab initio quantum chemical approaches. After detailed exploration of conformational landscapes of complexes using cheaper methods, the most stable structures will be studied at ab initio level. Geometries (inluding binding sites for water and ions) and exact values of interaction energies will be obtained and the calculated IR spectra will serve for an interpretation of experimental results. (en)
- Struktura biomolekul je závislá na celé řadě interakcí. Z nekovalentních interakcí kromě vodíkových vazeb a patrových sil má na stabilitu biopolymerů vliv okolní prostředí, v kterém se tyto molekuly nacházejí. Konformace a stabilita aminokyselin a složek nukleových kyselin v přítomnosti vody a iontů bude studována jak metodami molekulové dynamiky a mechaniky, tak predevším na ab initio úrovni metodami, které korektně popisují všechny složky interakční energie uvedených komplexů. Po podrobném prozkoumání povrchů potenciální a volné energie komplexů s použitím časově méně náročných metod budou pro nejstabilnější struktury spočteny přesné hodnoty interakčních energií na kvalitativně vyšší úrovni. Pro tyto struktury budou rovněž vypočtena IR spektra, která budou použita pro interpretaci experimentálních dat.
|
| Title
| - Hydration and solvation of building blocks of biopolymers (en)
- Hydratace a solvatace stavebních jednotek biopolymerů
|
| skos:notation
| |
| http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
| http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
| http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
| http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
| http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
| http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
| http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
| http://linked.open...hodnoceniProjektu
| |
| http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
| http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - nucleic acids; amino acids; hydration; solvation; ions; conformation; ab initio calculations (en)
|
| http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
| http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
| http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
| http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
| http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
| http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
| http://linked.open...lneniVMinulemRoce
| |
| http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
| http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
| http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
| http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
| http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
| http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
| http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
| http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
| http://linked.open...jektu+dodavatelem
| - Cíle projektu se podařilo naplnit. Byl objasněn vlivu solventu na tautomerní rovnováhu párů bází, vyvinuta metoda pro neempirické přiřazování charakteristických vibracních frekvencí a byly modelovány interakce DNA čipů s nabitým povrchem a fluorofory. (cs)
- Aims of the project were accomplished. Influence of solvent on tautomeric equilibrium of base pairs was clarified, method for assignment of vibration frequencies was developed and interactions of DNA chips with surface and fluorescent dyes were modeled. (en)
|
| http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
| http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - nucleic acids
- amino acids
- conformation
- hydration
- ions
- solvation
|
| is http://linked.open...vavai/riv/projekt
of | |
| is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)