About: Conformational Transitions in Plasmid DNA

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Conformational Transitions in Plasmid DNA Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA1004301
Description	DNA undergoes conformational transitions which substantially change its biophysical and molecular biological properties. The mostly used method of research into DNA conformational transitions is CD spectroscopy, Which nevertheless is not suitable for mapping the transitions along segments of genomic DNA, as it provides a picture of the whole molecule behaviour. In this project we intend to develop two complementary methods based on the fact that UV-induced DNA damage is DNA conformation dependent. We will detect photoproducts via primer extension method, which gives information at single nucleotide resolution, but in segments of hundreds nucleotides only. To detect the transitions along kilobase DNA molecules, the fact that damaged DNA inhibits restrictases cleavage will be used. These methods will be applied to the research into the conformational in plasmid pUC19-preferentially for B-A transition and for negative and positive superhelicity induced transitions. (en) DNA vykazuje konformační přechody, které výrazně mění její biofyzikální a molekulárně biologické vlastnosti. Nejčastěji používanou metodou ke studiu konformačních přechodů v DNA je CD spektroskopie. Ta ale není vhodná pro mapování konformačních přechodů podél dlouhých úseků genomové DNA, protože poskytuje integrální obraz o chování celé molekuly. V tomto projektu chceme vyvinout dvě komplementární metody založené na skutečnosti, že poškození vyvolané na DNA UV světlem závisí na konformaci DNA. K detekci fotoproduktů využijeme metodu primer extension, která dává informace s nukleotidovým rozlišením, ale jen v úsecích o délce stovek nukleotidů. K detekci konformačních přechodů podél kilobázových molekul DNA využijeme skutečnost, že poškození DNA blokuje její štěpení restriktázami. Tyto metody využijeme ke studiu konformačních přechodů v molekule plasmidu pUC19. Přednostně se zaměříme na přechor B-A a na přechody indukované negativním a pozitivním nadšroubovicovým vinutím.
Title	Conformational Transitions in Plasmid DNA (en) Konformační přechody v plasmidové DNA
skos:notation	IAA1004301
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA1004301/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA1004301/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2007-09-26 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	33612753
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	BO - Biofyzika
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	conformational transitions; UV light; plasmid DNA; supercoiling; photoproducts; primer extension; restrictases; CD spectroscopy (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2005
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2003
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2006
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02003-A
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CE - Biochemie EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Byla vyvinuta dvojice komplementárních metod, detegujících poškození, které v DNA generuje ultrafialové světlo. Tyto metody byly využity ke studiu konformačních přechodů v plasmidové DNA a odvozeném fragmentu a jejich ovlivnění nadšroubovicovým vinutím. (cs) We have developed two complementary methods detecting UV light-induced damage in DNA. These methods were used for research into conformational transitions in plasmid DNA and its derived fragment, and the effect of supercoiling. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	UV light photoproducts plasmid DNA primer extension restrictases supercoiling conformational transitions
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Mapping the B-A conformational transition along plasmid DNA Factors influencing resistance of UV-irradiated DNA to the restriction endonuclease cleavage Photochemical probing of the B-A conformational transition in a linearized pUC19 DNA and its polylinker region
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1004301/2003/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1004301/2004/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1004301/2005/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA1004301/2006/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.116 as of Feb 22 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3239 as of Feb 22 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 82 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software