About: Retrotransposon colonizing only recombining part of genome of dioecious plants

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Retrotransposon colonizing only recombining part of genome of dioecious plants Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GPP501/10/P483
Description	Large portions of eukaryotic genomes consist of transposable elements (TEs). Chromosomal distribution and abundance of various families of TEs in genomes is affected by many factors such as the mechanisms of spreading, TEs interactions, TEs vs. host interactions or special features of chromosomal regions. During the systematic analysis of the repetitive sequences in S. latifolia genome, gypsy type LTR retrotransposon family was found. This retrotransposon family gives ubiquitous signal on all chromosomes with exception of the non-recombining part of the Y chromosome where signal is absent. The first hypothesis presumes, that this retrotransposon could be spread in the genome in connection with recombination. Alternative explanation is based on RNA interference mechanism inhibiting retrotransposition in males. Identification of this mechanism(s) could shed light on new connections between retrotranspsoson spreading in sexual organisms, recombination and/or RNAi based TE silencing (en) Transponovatelné elementy (TE) tvoří významnou část genomů. Evoluční historie, vzájemné interakce TE a interakce TE s hostitelem spolu s mechanizmy šíření jednotlivých TE se odrážejí v rozložení TE na chromozomech. Během široké analýzy TE u S. latifolia jsme objevili rodinu LTR retrotranspozonů typu gypsy, která zcela chybí v nerekombinující části chromozomu Y, zatímco v ostatních částech genomu včetně pseudoautozomální oblasti chromozomu Y (PAR) je zastoupena velmi hojně a rovnoměrně. Absence tohoto elementu na chromozomu Y je pravděpodobně způsobena mechanizmem jeho šíření, který může být mimo jiné založen na rekombinaci. Alternativním vysvětlením je inhibice transpozice mechanizmem RNA interference, která je funkční pouze u samčího pohlaví. Objasnění tohoto mechanizmu může odhalit zajímavé souvislosti mezi šířením TE u sexuálních organizmů na jedné straně a rekombinací, případně RNAi na straně druhé.
Title	Retrotransposon colonizing only recombining part of genome of dioecious plants (en) Retrotranspozon kolonizující pouze rekombinující část genomu dvoupohlavních rostlin
skos:notation	GPP501/10/P483
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GPP501%2F10%2FP483/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GPP501%2F10%2FP483/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2014-07-15 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100238982
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	sex chromosom LTR retrotransposon transposition RNA interference VLP (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P501-10-P483
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2014
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2014
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02010GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EF - Botanika ED - Fyziologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2010-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKUK
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Genomic diversity in two related plant species with and without sex chromosomes - Silene latifolia and S. vulgaris Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons Possible mechanisms responsible for absence of a retrotransposon family on a plant Y chromosome
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP501%2F10%2FP483/2010/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP501%2F10%2FP483/2011/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP501%2F10%2FP483/2012/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP501%2F10%2FP483/2013/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP501%2F10%2FP483/2014/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software