About: Development of precise molecular mechanic force fields for vibrational spectroscopy

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Development of precise molecular mechanic force fields for vibrational spectroscopy Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GPP208/10/P356
Description	Dynamical studies of macromolecules using molecular dynamics force fields became principle tools in theoretical modeling of biochemical processes. For proteins, for example, such methods revealed many interesting aspects concerning their denaturation, re-folding, and ligand binding. Available force fields differ in quality, complexity, and variety of systems which they can be used for (proteins, nucleic acids etc.). However, the force field parametrizations are often inaccurate and dependent on the reference data. In this project, we propose to utilize advanced methods of vibrational spectroscopy as relatively easily accessible reference data. The spectra provide precious information about structure, flexibility, dynamical behavior, or the affinity to the environment and ligands. We will expand or develop original methods, especially for polarized (optical active) spectral analyses. The combination of the quantum and molecular-dynamics calculations, and the accurate spectroscopic data will provide a powerful instrument for new applications, especially those including flexible biologically relevant compounds, their dynamics and reactivity. (en) Dynamické studie makromolekul za použití molekulově-mechanických silových polí jsou hlavním nástrojem pro teoretické modelování biochemických dějů. U proteinů např. umožňují pochopit jejich denaturaci, re-folding, či vazbu ligandů. Existující silová pole se liší kvalitou, složitostí a použitelností na konkrétní typy molekul (proteiny, nukleové kyseliny apod.). Přitom parametrizace polí je často jen přibližná a závislá na referenční datech. Proto v projektu navrhujeme použít pokročilé metody vibrační spektroskopie jako relativně snadno dostupný standard. Spektra poskytují cenné informace o struktuře, flexibilitě, dynamickém chování látek, jejich afinitě k okolí, či elektrostatickém chování jednotlivých částí molekuly. V projektu budeme rozvíjet originální metody zejména pro analýzu polarizovaných (opticky aktivních) spekter. Kombinací kvantových a molekulově-dynamických výpočtů, a spektrálních dat tak získáme nástroj k novým aplikacím zahrnujícím zejména flexibilní látky a využívající dynamiky, solvataci a komplexační aktivitu molekul.
Title	Development of precise molecular mechanic force fields for vibrational spectroscopy (en) Vývoj přesných molekulově-mechanických silových polí pro vibrační spektroskopii
skos:notation	GPP208/10/P356
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GPP208%2F10%2FP356/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GPP208%2F10%2FP356/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2014-01-27 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	92893184
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	molecular; dynamics; vibrational; spectroscopy; force; field; ab; initio (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	10 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	10 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2012-03-30 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P208%2F10%2FP356
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2012
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2013
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02010GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2012-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2010-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	The main result is advanced theoretical analysis of vibrational spectra of selected molecules. The results, adequately described in the closing summary, bring about a progress in the interpretation of vibrational spectra. The output is seven original articles with multiple dedications in IF journals. Failure to comply with the rules of the grant or disbursement of funds were not identified. (en) Hlavním výsledkem projektu jsou pokročilé teoretické analýzy vibračních spekter vybraných molekul. Výsledky, adekvátně popsané v závěrečné kartě, představují pokrok v interpretaci vibračních spekter. Výstupem je sedm původních článků v IF časopisech s násobnými dedikacemi. Nedostatky v dodržování grantových pravidel nebo v čerpání finančních prostředků nebyly zjištěné. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	molecular ab dynamics field force spectroscopy vibrational
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Theoretical Modeling of Magnesium Ion Imprints in the Raman Scattering of Water PROBLEMS WITH A CONFORMATION ASSIGNMENT OF ARYL-SUBSTITUTED RESORC[4]ARENES Basis Set Convergence of Indirect Spin-Spin Coupling Constants in the Kohn-Sham Limit for Several Small Molecules Estimation of isotropic nuclear magnetic shieldings in the CCSD(T) and MP2 complete basis set limit using affordable correlation calculations Simulations of the Temperature Dependence of Amide I Vibration Theoretical Modeling of Peptide .alpha.-Helical Circular Dichroism in Aqueous Solution Anharmonic vibrational frequency calculations for solvated molecules in the B3LYP Kohn–Sham basis set limit Structure and Vibrational Motion of Insulin from Raman Optical Activity Spectra Fullerene C-70 characterization by C-13 NMR and the importance of the solvent and dynamics in spectral simulations Conformational Behavior of Simple Furanosides Studied by Optical Rotation
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP208%2F10%2FP356/2010/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP208%2F10%2FP356/2011/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP208%2F10%2FP356/2012/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GPP208%2F10%2FP356/2013/ico%3A61388963

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software