About: Influence of DNA superhelicity on sequence specific and structure selective binding of the p53 protein

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Influence of DNA superhelicity on sequence specific and structure selective binding of the p53 protein Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GP301/04/P025
Description	Tumor suppressor protein p53 is one of the most important regulators of cell proliferation, differentiation and programmed cell death. P53 is mutated in more than 50% of cancer cases. This project is focused towards studies of p53 - DNA interaction, which play crucial role in p53 protein function. DNA protein binding is often supercoiling dependent. We will use a new method for analysis of the effect of DNA supercoiling on p53 binding allowing detail studies of binding properties to native response elements in supercoiled DNAs. Using topoisomerase we will prepare and analyze p53 binding to sets of topoisomeric samples and compare with p53 binding to DNA at native superhelix density. We will prepare new DNA construct with local structures to study binding of the p53 protein to these structures stabilized by DNA supercoiling. The role of post-translational modification of p53 protein will be investigated. We will test DNA binding properties of p53 mutants common in human cancers. (en) Nádorový supresor protein p53 je jedním z nejdůležitějších regulátorů buněčné proliferace, diferenciace a programované buněčné smrti. Protein p53 je mutovaný ve více než 50% případů nádorového bujení. Tento projekt je zaměřený na studium p53 - DNA vazby,která hraje klíčovou roli ve funkci proteinu. Vazba proteinů k DNA je často závislá na superhelicitě. Použijeme novou metodu pro analýzu studia vlivu superhelicity na vazbu p53 - DNA, která umožňuje detailní charakterizaci vazebných vlastností proteinu knativním responzibilním sekvencím v nadšroubovicové DNA. Pomocí topoizomerázy připravíme sadu DNA topoizomerů a budeme analyzovat vazebné vlastnosti p53 k těmto topoizomerům ve srovnání k DNA s nativní superhelikální hustotou. Připravíme nové konstrukty,které budou vytvářet lokální struktury stabilizované nadšroubovicovým vinutím a budeme testovat vazbu proteinu p53 k těmto DNA strukturám. Budeme zkoumat roli posttranslačních modifikací na vazbu proteinu p53 k nadšroubovicové DNA. Budeme testovat vazbu
Title	Influence of DNA superhelicity on sequence specific and structure selective binding of the p53 protein (en) Vliv superhelicity DNA na sekvenčně specifickou a strukturně selektivní vazbu proteinu p53
skos:notation	GP301/04/P025
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP301%2F04%2FP025/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP301%2F04%2FP025/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2007-10-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	2498524
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Neuvedeno. (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2006
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2004
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2007
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02004GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EB - Genetika a molekulární biologie FD - Onkologie a hematologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Jednou z nejdůležitějších vlastností nádorového supresoru proteinu p53 je jeho sekvenčně specifická vazba na DNA. Zjistili jsme, pomocí kompetitivního stanovení v agarosových gelech, že p53 cílové (konsensus) sekvence v delších fragmentech DNA jsou lepší (cs) One of the most important functions of the tumor suppressor p53 protein is its sequence-specific binding to DNA. Using a competition assay on agarose gels we found that the p53 consensus sequences in longer DNA fragments are better targets than the same (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Restoring wild-type conformation and DNA-binding activity of mutant p53 is insufficient for restoration of transcriptional activity Searching for target sequences by p53 protein is influenced by DNA length
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP301%2F04%2FP025/2004/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP301%2F04%2FP025/2005/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP301%2F04%2FP025/2006/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP301%2F04%2FP025/2007/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software