About: GC content and genome evolution of grasses

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: GC content and genome evolution of grasses Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GP206/08/P222
Description	The main goal of this project is to survey of variability in GC bases content (guanine and cytosine) related to species phylogeny and global genome evolution. The study will be devoted to model family Poaceae (grasses), typical of highest and most variable GC content within higher plants, and will concern all hierarchical levels, from inter-family, inter-generic, inter-specific, to intra-specific differences. Particular studies are devoted to (i) map the origin and consecutive evolution of high GCcontent of grass genomes and genes within Monocots, (ii) survey variability of GC content and chromosome size among main grass evolutionary lineages, (iii) test evolutionary significance of high GC content and thus higher DNA thermostability for plants from extreme climatic conditions, (iv) prove relation of GC content variability with transposable elements-driven genome expansions and contractions (on inter-specific level in genus Oryza, on intra-specific in Festuca pallens), and (v) to prove possible (en) Záměrem tohoto projektu je mapovat změny v obsahu GC bazí (guaninu a cytosinu) související s fylogenezí druhů a globální evolucí genomu. Studium bude zaměřeno na modelovou čeleď Poaceae, vyznačující se nejvyšším a nejvariabilnějším GC obsahem v rámci vyšších rostlin, a bude postihovat všechny systematické úrovně, od rozdílů mezi čeleděmi, rody, druhy, až po vnitrodruhovou variabilitu. Dílčí studie jsou zaměřeny na: (i) sledování původu a následné evoluce vysokého GC obsahu genomu a genů trav v rámci jednoděložných, (ii) sledování rozdílů v GC obsahu a velikosti chromozomů mezi hlavními evolučními liniemi trav, (iii) testování evolučního významu vysokého obsahu GC a následně vyšší termostability DNA pro rostliny z extrémních klimatických podmínek, (iv) prověření souvislosti změn obsahu GC s evolucí genomu v důsledku expanze a redukce mobilních elementů (na mezidruhové úrovni v rodě Oryza, na vnitrodruhové u Festuca pallens), a (v) na ověření možného využití měření obsahu GC a velikosti genomu pro
Title	GC content and genome evolution of grasses (en) Evoluce GC obsahu a genomu trav
skos:notation	GP206/08/P222
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP206%2F08%2FP222/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP206%2F08%2FP222/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-03-20 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	82382825
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EF - Botanika
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Poaceae; genome evolution; phylogeny; genome size; GC content; flow cytometry; LTR retrotransposons (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	14 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	14 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2010-04-16 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/206%2F08%2FP222
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2010
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2011
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02008GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2010-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2008-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	V průběhu projektu byla naměřena velikost genomu a GC obsah u 770 druhů (72 z 81 čeledí jednoděložných; 350 z toho Poaceae a z nich 90 Oryza). Tento datový soubor je nejrozsáhlejší a fylogeneticky nejrobustnější přehled genomických parametrů u rostlin, umožnující relevantně testovat řadu hypotéz o evoluci genomu. Evolučně staré nárůsty v GC jsou nápadně asociovány s  (cs) The outputs of the recent project provide genome size and GC content data for about 770 species (72 of 81 monocot families; 350 Poaceae incl. 90 samples of Oryza). This dataset is the largest and most phylogenetically robust survey done in monocots to date and enables relevant testing of numerous hypotheses on plant genome evolution. Old evolutionary increases of GC content are markedly asso (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	Poaceae GC content flow cytometry genome evolution genome size phylogeny
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Ecological and evolutionary significance of genomic GC content diversity in monocots The evolution and meaning of DNA base composition in monocots Genome Size and DNA Base Composition of Geophytes: the Mirror of Phenology and Ecology? Evolution of genome size in Carex (Cyperaceae) in relation to chromosome number and genomic base composition Genome size in Cyperaceae GC content, genome size and chromosome size evolution in grasses and other monocots Quantification of retrotransposon in Festuca pallens population varying in genome size Intrapopulation genome size dynamics in Festuca pallens Understanding intraspecific variation in genome size in plants Stabilizing selection on genome size in a population of Festuca pallens under condition of intensive intraspecific competition The evolution of base composition in monocots Genome size and DNA base composition of geophytes: the mirror of phenology and ecology? Measurements of genomic GC content in plant genomes with flow cytometry: a test for reliability The variation of base composition in plant genomes
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F08%2FP222/2008/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F08%2FP222/2009/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F08%2FP222/2010/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F08%2FP222/2011/orjk%3A14310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 39 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software