About: Triplex-forming DNA and its interactions with p53 proteins

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Triplex-forming DNA and its interactions with p53 proteins Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GP204/06/P369
Description	Structure-selective DNA recognition is an important characteristic of not only tumor suppressor protein p53 (wtp53), but also of its oncogenic mutant forms (mutp53). It is supposed that, besides its sequence, DNA conformation is crucial for p53-DNA interactions in cells. This project is aimed to investigation of interactions of both wtp53 and mutp53 with DNA containing sequences that adopt intramolecular triplex structures in superhelical DNA (scDNA). Interaction of p53 with DNA involving the triplex structures will be compared with earlier described p53 binding to DNA forming other local structures (e.g. DNA cruciforms). Several biochemical and molecular biological approaches will be applied. Particular attention will be aimed to the methodsdetection of DNA-protein interaction and for probing triplex DNA structures in vitro and in vivo. Development and optimization of a new technique for studying p53 interactions with scDNAs, based on immobilization of the intramolecular triplex-containing (en) Strukturně selektivní interakce s DNA je důležitou charakteristikou nejenom nádorového supresorového proteinu p53 (wtp53), ale i jeho onkogenních mutantních forem (mutp53). Předpokládá se, že při interakci p53 s DNA v buňce je kromě sekvence nukleotidů důležitá také konformace rozpoznávaného elementu DNA. Tento projekt je zaměřen na studii interakcí jak wtp53, tak vybraných mutp53 s DNA obsahující sekvence, které vytvářejí intramolekulární triplexové struktury v nadšroubovicové DNA (scDNA). Interakce proteinů p53 s DNA obsahující triplexové struktury budou srovnány s již dříve popsanou vazbou p53 na DNA vytvářející jiné lokální struktury (např. křížovou formu). Při řešení této problematiky bude využito několik biochemických a molekulárně biologických přístupů. Důraz bude kladen zejména na metody studia interakce DNA-protein a detekce triplexových struktur DNA in vitro a in vivo. Součástí projektu je vývoj a optimalizace nové techniky pro studium vazby p53 na scDNA založené na imobilizaci
Title	Triplex-forming DNA and its interactions with p53 proteins (en) DNA vytvářející triplexy a jejich interakce s proteiny p53
skos:notation	GP204/06/P369
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP204%2F06%2FP369/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP204%2F06%2FP369/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-01-22 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	69136986
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	tumor suppressor p53; oncogene; DNA-protein interaction; immunoprecipitation; triplex (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2008-04-25 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/204%2F06%2FP369
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2008
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2009
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02006GA1PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2008-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CE - Biochemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2006-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Using electrophoresis, immunoblotting and precipitation techniques we detected interaction between DNA triplexes and p53, wild type as well as mutant p53 forms. We studied intramolecular DNA triplexes (type T.A.T) in plasmid (pBSK-T69) and its variant wi (en) Za pomocí metod elektroforetických, precipitačních a imunodetekce se nám podařilo dokázat, že jak standardní typ wtp53 tak jeho mutantní formy p53 rozpoznávají DNA tvořící triplexy. Byly studovány triplexy intramolekulární (typu T.A.T) v plasmidech obsah (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	tumor suppressor p53 DNA-protein interaction immunoprecipitation oncogene
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Modulation of gene expression in U251 glioblastoma cells by binding of mutant p53 R273H to intronic and intergenic sequences Recognition of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences by p53 proteins Mutant p53 interactions with supercoiled DNA Preferential binding of hot spot mutant p53 proteins to supercoiled DNA in vitro and in cells
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP204%2F06%2FP369/2006/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP204%2F06%2FP369/2007/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP204%2F06%2FP369/2008/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP204%2F06%2FP369/2009/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software