About: Funkční role a divergence ekotypů u vodních ultramikrobakterií

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Funkční role a divergence ekotypů u vodních ultramikrobakterií Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GEEEF/10/E011
Description	The high in situ abundances and thecosmopolitan distribution of relatively few phylogenetic lineages ofultramicrobacteria strongly point to their evolutionary success and functionalsignificance at the ecosystem level. Actinobacteria of the AcI lineagerepresents one of this group. We plan metagenomic sequencing of the cultures ofActinobacteria to revel the following: Firstly,we shall seek for genome-based differences of carbon metabolism and substratepreference. Secondly, we will focus on actinorhodopsin genes in the AcI clades,because they suggest a different role of these groups in ecosystem processesthan in other bacteria. Thirdly, genes encoding surface layer proteins seem toconvey particularly high predation resistance in Ac1 bacteria. Genesresponsible for the development of the S-layer (possibly influencing grazing resistance)will be revealed and grazing experiments will be planned based on the resultsof metagenomic sequencing. Real-time PCR assays will be developed and appliedto reveal the distribution of the AcI bacteria encoding actinorhodopsins andthe S-layer. (en) Vysoká in situ abundance a kosmopolitnírozšíření poměrně malého počtu klastrů ultramikrobakterií ukazuje jednoznačněna jejich evoluční úspěšnost a funkční důležitost na úrovni ekosytému.Aktinobakterie z klastru AcI jsou bezesporu takovou skupinou. Plánujemesekvenace metagenomů kultur a přírodních vzorků Aktinobakterií za účelemobjasnění následujících bodů: V první řadě hodláme hledat rozdílyv metabolismu uhlíku v genomech jednotlivých kmenů a jejichpreference pro daný susbstrát. Za druhé se chceme zaměřit na aktinorhodopsinovégeny u AcI klastrů, protože naznačují rozdílnou roli těchto skupinv ekosystémových procesech narozdíl od jiných bakteriálních skupin. Zatřetí plánujeme výzkum genů kódujících povrchové proteiny, které jsou praděpodobnězodpovědné za zvýšenou resistenci Aktinobakterií vůči predaci prvoků. Genyzodpovědné za vývoj takzvané S-vrstvy (pravděpodobně ovlivňující rezistencik predaci) budou detekovány a na základě metagenomické analýzy budouprovedeny predační pokusy. Na základě vývoje a následné aplikace real-time PCRpostupů budeme moci stanovit distribuci AcI bakterií kódujícíchaktinorhodopsiny a S-vrstvu.
Title	Funkční role a divergence ekotypů u vodních ultramikrobakterií Functional role and ecotype divergence in freshwater ultramicrobacteria (FREDI) (en)
skos:notation	GEEEF/10/E011
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Eurocores
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GEEEF%2F10%2FE011/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GEEEF%2F10%2FE011/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2014-06-27 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100751138
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	ultramicrobacteria genome ecotype genetic diversity Betaproteobacteria Actinobacteria Alphaproteobacteria (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	2 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2013-06-12 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/EEF-10-E011
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2013
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2014
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02010GA3EU
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2013-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EH - Ekologie - společenstva EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2010-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Projekt, který byl součástí mezinárodního projektu EUROCORE umožnil detailněji prostudovat málo známou skupinu ultramikrobakterií. Byla studována variabilita a výskyt aktinorhodopsinového genu ve sladkovodním prostředí, byly objeveny mnohé nové genotypy aktinorodopsinového genu, které byly dále sledovány v širokém spektru sladkovodních jezer, rybníků a nádrží. (cs) Project was a part of international project EUROCORE and it enabled to investigate little known, but very important large group of ultramicrobacteria. The occurrence of actinorhodopsin genes in freshwater habitats was investigated and several new genotypes and actinorhodopsin gene clusters were discovered. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBKU
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Insights into variability of actinorhodopsin genes of the LG1 cluster in two different freshwater habitats Patterns of Limnohabitans microdiversity across a large set of freshwater habitats as revealed by reverse line blot hybridization
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GEEEF%2F10%2FE011/2010/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GEEEF%2F10%2FE011/2011/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GEEEF%2F10%2FE011/2012/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GEEEF%2F10%2FE011/2013/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GEEEF%2F10%2FE011/2014/ico%3A60077344

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 41 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software