About: Will orchids reshape our understanding of genome-wide processes? Solving the enigma of progressively partial endoreduplication

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Will orchids reshape our understanding of genome-wide processes? Solving the enigma of progressively partial endoreduplication Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP506/12/1320
Description	The project aims at investigating the phenomenon of progressively partial endoreduplication (PPE) that has recently been discovered in the genome of some orchids. Whereas both the generative and somatic polyploidy have been intensively researched, nothing is known about the patterns and processes behind the PPE. With the aid of advanced molecular cytogenetic techniques (flow cytometry and sorting, Illumina next-generation sequencing, FISH), we will address the incidence of PPE across the family Orchidaceae and search for correlations with phylogeny and species traits. Ludisia discolor, a taxon with a small genome size and ca 50% PPE, will serve as a model system to elucidate differences in sequence composition between normal (2C) and partially reduplicated genomes. To localize structural changes in the genome and assess their phylogenetic stability, repetitive elements showing different quantities will be mapped to interphase nuclei and somatic chromosomes of Ludisia and related species. The results will provide a new level of understanding of genome-wide processes in eukaryotes. (en) Cílem projektu je detailní studium hyporeduplikace jaderného genomu, která představuje unikátní jev vyskytující se u některých zástupců čeledi Orchidaceae. Narozdíl od polyploidizace a celkové endoreduplikace, žádné bližší informace o hyporeduplikaci nejsou dosud k dispozici. S využitím spektra moderních molekulárně-cytogenetických metod (průtokové cytometrie a třídění částic, masivního paralelního sekvenování a fluorescenční in situ hybridizace) budeme sledovat výskyt hyporeduplikace v celé čeledi vstavačovitých a hledat souvislosti s vlastnostmi studovaných druhů a jejich fylogenetickou pozicí. U modelového taxonu (Ludisia discolor, která se vyznačuje malým genomem a cca 50% hyporeduplikací) stanovíme sekvenční rozdíly mezi typickými (2C) a hyporeduplikovanými jádry. Repetitivní sekvence s výrazně odlišnou četností budou lokalizovány v genomu, a to jak u modelového tak u dalších příbuzných druhů (s cílem zjistit mezidruhové podobnosti a rozdíly). Celkově projekt přispěje k pochopení evolučních procesů probíhajících v eukaryotických genomech.
Title	Will orchids reshape our understanding of genome-wide processes? Solving the enigma of progressively partial endoreduplication (en) Změní orchideje náš pohled na celogenomové procesy? Komplexní studium hyporeduplikace
skos:notation	GAP506/12/1320
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP506%2F12%2F1320/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP506%2F12%2F1320/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100780072
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EF - Botanika
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	flow cytometry genome size molecular cytogenetics next-generation sequencing Orchidaceae progressively partial endoreduplication (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	2 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-05-02 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P506-12-1320
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02012GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBK
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Genome size variation in Orchidaceae subfamily Apostasioideae: filling the phylogenetic gap
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2012/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2012/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2012/orjk%3A12220 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2013/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2013/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2013/orjk%3A12220 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2014/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2014/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2014/orjk%3A12220 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2015/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2015/orjk%3A11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP506%2F12%2F1320/2015/orjk%3A12220

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software