The project is focused on the secondary plastids of euglenids. We will perform environmental survey in order to reveal a green alga related to the ancestor of the euglenid plastid closer than the so far known Pyramimonas parkeae. Using 454 technique we will sequence the transcriptome (cDNA) of this alga or P. parkeae and three species of euglenids - Eutreptiella gymnastica, Phacus caudatus a non-photosynthetic Rhabdomonas sp. Furthermore we will sequence the plastid genome of the alga and photosynthetic euglenids. From the data we will reconstruct plastid proteomes and perform a comparative analysis including the well studied plastid of E. gracilis. We will notice the similarities and differences between genomes and proteomes of plastid established in three lineages of euglenids. We will be interested in the phylogenetic origin of proteins of euglenids, particularly in the contribution of proteins originating from the cyanobacteria (ancestor of the primary plastid) and the green alga (endosymbiot). The contributions will be compared between the euglenid lineages. (en)
Projekt je zaměřen na výzkum euglen - vhodnou skupinu pro studium vzniku sekundárního plastidu. Budeme pátrat po zelené řase, která je ještě příbuznější předku euglenidího plastidu než dosud známý druh Pyramimonas parkeae. Metodou 454 osekvenujeme transkriptom (cDNA) této zelené řasy nebo P. parkeae a tří druhů euglen Eutreptiella gymnastica, Phacus caudatus a nefotosyntetické eugleny Rhabdomonas sp. U fotosyntetických druhů euglen a u zelené řasy osekvenujeme také plastidový genom. Ze získaných dat se pokusíme rekonstruovat proteomy plastidů a provedeme srovnávací analýzu plastidových genomů a proteomů (včetně studovaného plastidu E. gracilis). Budeme si všímat, jak podobné či odlišné jsou plastidy, které se etablovaly ve třech liniích euglen. Budeme analyzovat také fylogenetický původ proteinů v plastidu i cytosolu u jednotlivých euglen a zajímat nás bude především příspěvek genů pocházejících ze sinice (předka primárního plastidu) a zelené řasy (endosymbionta). Srovnáme příspěvky endosymbiózy do proteomu různých linií euglenidů.