About: Physical map of wheat chromosome arm 7DS and its use to clone a Russian wheat aphid resistance gene

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Physical map of wheat chromosome arm 7DS and its use to clone a Russian wheat aphid resistance gene Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP501/12/2554
Description	Map-based cloning in bread wheat is a daunting task due to enormous size (~17 Gbp) and polyploid nature of its genome. One of the strategies facilitating accomplishment of this goal is use of genomic resources created from smaller segments of the genome - chromosomes or chromosome arms. Here we propose assembling clones of a BAC library previously constructed from the short arm of wheat 7D chromosome into a physical map. The ordered clones will be sequenced by Illumina technology and assembled. The resulting BAC clone sequences will enable landing of the physical map on the chromosome. The integrated map as well as clone-by-clone sequence of the 7DS will significantly speed up cloning of all genes from this part of the wheat genome. Within the project, we assume map-based cloning of a gene conferring resistance to one of the most devastating wheat pests, Russian wheat aphid (Diuraphis noxia) located on 7DS. Besides of elucidating molecular basis of the trait, the knowledge of the gene enables host-pathogen interaction studies and development of markers for wheat breeding. (en) Poziční klonování genů pšenice seté je považováno za velmi náročné vzhledem ke značné velikosti genomu pšenice (~17 Gbp) a jejímu polyploidnímu charakteru. Jedna ze strategií usnadňujících dosažení tohoto cíle je založena na využití genomických materiálů vytvořených pouze z menších částí genomu - chromozómů nebo jejich ramen. V předkládaném projektu navrhujeme sestavení fyzické mapy z klonů BAC knihovny DNA již dříve připravené z krátkého ramene chromozómu 7D pšenice a osekvenování takto uspořádaných klonů technologií Illumina. Získané sekvence umožní ukotvení fyzické mapy na mapu genetickou. Integrovaná mapa a uspořádaná sekvence DNA ramene 7DS výrazně urychlí klonování všech genů nacházejících se v této části genomu pšenice. V rámci projektu předpokládáme poziční klonování genu pro rezistenci k jednomu z nejzávažnějších škůdců pšenice, mšici zhoubné (Diuraphis noxia). Znalost genu pro rezistenci přispěje k odhalení molekulární podstaty tohoto znaku, umožní studium interakce patogena a hostitele a rovněž vývoj cenných molekulárních markerů pro šlechtění pšenice.
Title	Physical map of wheat chromosome arm 7DS and its use to clone a Russian wheat aphid resistance gene (en) Fyzická mapa krátkého ramene chromozómu 7D pšenice a její využití pro klonování genu pro rezistenci k mšici zhoubné
skos:notation	GAP501/12/2554
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP501%2F12%2F2554/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP501%2F12%2F2554/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100777335
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	wheat 7DS physical map draft sequence Diuraphis noxia resistance map-based cloning (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	4 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-17 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P501-12-2554
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02012GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EF - Botanika GE - Šlechtění rostlin
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBK
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	A 4-gigabase physical map unlocks the structure and evolution of the complex genome of Aegilops tauschii, the wheat D-genome progenitor Integration of mate pair sequences to improve shotgun assemblies of flow-sorted chromosome arms of hexaploid wheat Dispersion and domestication shaped the genome of bread wheat A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP501%2F12%2F2554/2012/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP501%2F12%2F2554/2013/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP501%2F12%2F2554/2014/ico%3A61389030 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP501%2F12%2F2554/2015/ico%3A61389030

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 46 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software